More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4744 on replicon NC_008760
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  794    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  66.67 
 
 
387 aa  531  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  64.08 
 
 
393 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  66.3 
 
 
389 aa  530  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  66.58 
 
 
390 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  67.31 
 
 
392 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  63.19 
 
 
395 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  67.96 
 
 
394 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  61.98 
 
 
397 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  65.1 
 
 
387 aa  511  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  64.11 
 
 
390 aa  510  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  62.71 
 
 
390 aa  494  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  60.11 
 
 
395 aa  482  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  57.69 
 
 
395 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  56.67 
 
 
395 aa  462  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  58.33 
 
 
406 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  54.29 
 
 
395 aa  445  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  56.6 
 
 
402 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  54.59 
 
 
402 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  50.28 
 
 
392 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  50.56 
 
 
392 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  35.98 
 
 
390 aa  225  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  35.59 
 
 
395 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  34.05 
 
 
388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 
399 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  34.1 
 
 
410 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 
389 aa  205  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
412 aa  204  1e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  34.35 
 
 
389 aa  203  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  37.28 
 
 
396 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  37.69 
 
 
398 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  33.61 
 
 
390 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
389 aa  197  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 
401 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
388 aa  192  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 
391 aa  190  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
390 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
391 aa  186  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
389 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
390 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
389 aa  179  8e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
379 aa  175  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  36.8 
 
 
387 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 
386 aa  174  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
392 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
391 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  34.22 
 
 
379 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
395 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 
414 aa  170  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  32.01 
 
 
400 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 
395 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 
390 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
392 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 
395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  31.3 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.18 
 
 
381 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
413 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.85 
 
 
392 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
407 aa  159  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
390 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  32.5 
 
 
392 aa  155  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.08 
 
 
392 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
390 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
388 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
388 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 
399 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  28.11 
 
 
390 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
390 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
376 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  27.84 
 
 
390 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
390 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
392 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
384 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
423 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
390 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
391 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.06 
 
 
393 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
390 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
413 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  31.28 
 
 
406 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.12 
 
 
399 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25 
 
 
400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
396 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
368 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
398 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
400 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
417 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>