More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4558 on replicon NC_008758
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.82 
 
 
224 aa  309  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  67.71 
 
 
224 aa  305  4e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  67.71 
 
 
224 aa  305  4e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  67.26 
 
 
224 aa  303  1e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.92 
 
 
224 aa  295  4e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.47 
 
 
232 aa  295  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0029  DNA-binding response regulator CzrR  60.27 
 
 
224 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  3.98254e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.27 
 
 
224 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.216902  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0046  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.27 
 
 
224 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.398344  normal  0.151204 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.27 
 
 
224 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.955175  hitchhiker  0.00039578 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  61.43 
 
 
224 aa  288  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  61.43 
 
 
224 aa  286  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  62.83 
 
 
228 aa  285  3e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.23 
 
 
226 aa  285  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.51 
 
 
226 aa  284  7e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  58.93 
 
 
229 aa  282  3e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.11 
 
 
224 aa  282  4e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  64 
 
 
224 aa  280  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.95 
 
 
227 aa  280  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.8 
 
 
225 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.38 
 
 
225 aa  278  6e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.06 
 
 
227 aa  278  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.71 
 
 
225 aa  277  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.67 
 
 
224 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  60.18 
 
 
225 aa  277  9e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  62.67 
 
 
224 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  4.94979e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.67 
 
 
224 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.67 
 
 
224 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.71 
 
 
230 aa  276  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.8 
 
 
225 aa  276  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.35 
 
 
225 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  57.59 
 
 
229 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  59.73 
 
 
225 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.27 
 
 
223 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.11 
 
 
224 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.27 
 
 
223 aa  275  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.82 
 
 
223 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  60.71 
 
 
228 aa  275  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.56 
 
 
219 aa  275  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.82 
 
 
223 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2714  putative two-component response regulator  63.23 
 
 
224 aa  274  6e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.681326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31960  putative two-component response regulator  63.23 
 
 
224 aa  274  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.029957  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.82 
 
 
223 aa  274  7e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.67 
 
 
226 aa  274  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  61.16 
 
 
223 aa  274  1e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  59.28 
 
 
224 aa  273  1e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.51 
 
 
232 aa  274  1e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.16 
 
 
223 aa  273  2e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  65.02 
 
 
226 aa  273  2e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.91 
 
 
228 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.46 
 
 
228 aa  271  5e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.46 
 
 
228 aa  271  5e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  59.82 
 
 
226 aa  271  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.67 
 
 
225 aa  271  9e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.38 
 
 
223 aa  270  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  58.82 
 
 
229 aa  270  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.52 
 
 
224 aa  270  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.55 
 
 
223 aa  269  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.4 
 
 
228 aa  270  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  61.5 
 
 
228 aa  269  3e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.5 
 
 
228 aa  269  3e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.62 
 
 
226 aa  269  3e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.18 
 
 
226 aa  269  3e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.48 
 
 
223 aa  268  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.18 
 
 
226 aa  268  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.36 
 
 
228 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.01 
 
 
225 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.41 
 
 
231 aa  268  6e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  59.55 
 
 
223 aa  267  9e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.91 
 
 
228 aa  267  9e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  2.22676e-06 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  60.81 
 
 
228 aa  267  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  59.01 
 
 
225 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.69255e-05  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  55.26 
 
 
230 aa  266  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.18 
 
 
225 aa  264  9e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.11 
 
 
225 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.11 
 
 
225 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.11 
 
 
225 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.18 
 
 
225 aa  263  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 
225 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.71 
 
 
227 aa  263  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.09 
 
 
225 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.09 
 
 
225 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.09 
 
 
225 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.78 
 
 
227 aa  262  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.56 
 
 
225 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  59.56 
 
 
228 aa  261  9e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.73 
 
 
226 aa  260  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.59 
 
 
228 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.61 
 
 
226 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.14 
 
 
228 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.14 
 
 
228 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.06 
 
 
242 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.72 
 
 
223 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.14 
 
 
227 aa  258  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  56.89 
 
 
229 aa  256  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  56.89 
 
 
229 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  56.89 
 
 
229 aa  256  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  56.89 
 
 
229 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  56.89 
 
 
229 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>