56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4286 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008757  Pnap_4286  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
73 aa  152  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0251  transcriptional regulator, XRE family  59.72 
 
 
72 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120803  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0373  Cro/CI family transcriptional regulator  59.09 
 
 
71 aa  87.8  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000000821993  normal  0.249392 
 
 
 
NC_008761  Pnap_4807  helix-turn-helix domain-containing protein  59.7 
 
 
74 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125806  hitchhiker  0.00510188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3980  transcriptional regulator  54.79 
 
 
76 aa  87  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4458  putative transcriptional regulator, XRE family  56.06 
 
 
71 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2316  Cro/CI family transcriptional regulator  52.24 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.723017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  51.56 
 
 
68 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49660  hypothetical protein  53.12 
 
 
70 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000595514  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0975  putative transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
68 aa  74.7  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0963  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 
74 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000305628 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1800  Cro/CI family transcriptional regulator  39.13 
 
 
75 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1995  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
71 aa  58.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000194045  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1184  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
71 aa  58.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2123  hypothetical protein  36.36 
 
 
69 aa  57.4  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0684  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
89 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3657  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
79 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.544629  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 
68 aa  51.6  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4838  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 
71 aa  50.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0066  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
262 aa  50.4  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0816  transcriptional regulator, XRE family  27.94 
 
 
69 aa  48.9  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2870  transcriptional regulator, XRE family  27.94 
 
 
69 aa  48.9  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000158683  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0014  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
73 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127273  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1496  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 
75 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000868778  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2160  hypothetical protein  30.77 
 
 
89 aa  48.1  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.419766  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1216  putative HTH-type transcriptional regulator  31.25 
 
 
75 aa  47.4  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5453  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 
80 aa  45.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.816575  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5017  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
77 aa  44.3  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3198  hypothetical protein  30.88 
 
 
73 aa  43.9  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000508147  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2806  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 
81 aa  43.9  0.0007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3037  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
80 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3923  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
58 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.551914  normal  0.0534893 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4332  helix-turn-helix type 3  26.39 
 
 
77 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4482  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 
82 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.111215  normal  0.686525 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2649  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
80 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915227  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3478  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 
76 aa  42.4  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0540861  normal  0.173042 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0305  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 
80 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00365078  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0466  hypothetical protein  28.81 
 
 
78 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0490  hypothetical protein  28.81 
 
 
78 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0033  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
86 aa  41.2  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.656945  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3038  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121923  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3001  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000935469 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2791  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0381729  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0764  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
79 aa  41.2  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0359167  normal  0.203575 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3003  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0902628  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2721  Cro/CI family transcriptional regulator  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2740  Cro/CI family transcriptional regulator  21.21 
 
 
71 aa  41.2  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.29378  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2236  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.972034  hitchhiker  0.0000000327322 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2733  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
70 aa  40.8  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0630  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 
69 aa  40.8  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.054738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4792  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
71 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0662158  normal  0.716445 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2804  XRE family transcriptional regulator  22.06 
 
 
75 aa  40.8  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425929  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1037  transcriptional regulator, XRE family  22.22 
 
 
74 aa  40.8  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2358  hypothetical protein  31.48 
 
 
78 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081812  decreased coverage  0.0000157362 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5459  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
92 aa  40.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0131549  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3005  DNA-binding protein  21.21 
 
 
71 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>