More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4172 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5551  TetR family transcriptional regulator  73.47 
 
 		 203 aa  299  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.1306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  70.47 
 
 		 202 aa  280  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3160  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 205 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000883166 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 197 aa  91.3  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  29.41 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 310 aa  61.6  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30200  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296423  normal  0.124528 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1286  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000123202 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1283  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1216  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  52.08 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 424 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  36.36 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4218  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.135159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 307 aa  55.1  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1944  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00538978  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2292  intercellular adhesion regulator  32.14 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0364892  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  44.05 
 
 		 238 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 220 aa  53.9  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  30.36 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  23.03 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  29.34 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 291 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 258 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3905  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  24.15 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 223 aa  53.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>