More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4120 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 203 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  80 
 
 		 203 aa  327  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  73.47 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  73.98 
 
 		 218 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.61 
 
 		 204 aa  248  5e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.66 
 
 		 211 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  65.48 
 
 		 221 aa  236  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  58.5 
 
 		 203 aa  236  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  55.61 
 
 		 204 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.1 
 
 		 204 aa  225  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  55.44 
 
 		 205 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.3 
 
 		 205 aa  221  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.3 
 
 		 205 aa  221  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.73 
 
 		 203 aa  220  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.5 
 
 		 211 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  58 
 
 		 203 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.89 
 
 		 212 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.89 
 
 		 212 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  58.21 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.89 
 
 		 212 aa  215  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.5 
 
 		 201 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.06 
 
 		 199 aa  202  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.26 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  52.55 
 
 		 222 aa  200  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.72 
 
 		 215 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.2 
 
 		 210 aa  194  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  48.4 
 
 		 208 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.01 
 
 		 218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  48.96 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.35 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.84 
 
 		 219 aa  174  7e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.4 
 
 		 204 aa  174  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.11 
 
 		 208 aa  173  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  44.1 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  55 
 
 		 204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.57 
 
 		 214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  44.85 
 
 		 204 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  44.85 
 
 		 204 aa  171  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 239 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  43.3 
 
 		 215 aa  167  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.66 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.9 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.78 
 
 		 204 aa  157  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.71 
 
 		 565 aa  145  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.85 
 
 		 181 aa  121  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.12 
 
 		 449 aa  121  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.53 
 
 		 463 aa  119  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 		 476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.13 
 
 		 462 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.04 
 
 		 769 aa  116  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.23 
 
 		 715 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  41.32 
 
 		 168 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40 
 
 		 921 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  37.95 
 
 		 1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.75 
 
 		 453 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  44.65 
 
 		 584 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.27 
 
 		 205 aa  111  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  39.1 
 
 		 1442 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  45 
 
 		 590 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  39.38 
 
 		 1433 aa  109  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.2 
 
 		 375 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.2 
 
 		 375 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.2 
 
 		 375 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  42.31 
 
 		 1426 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  43.4 
 
 		 570 aa  108  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1433 aa  108  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  39.09 
 
 		 1444 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.36 
 
 		 378 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  40.13 
 
 		 970 aa  107  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.77 
 
 		 383 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.51 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  38.41 
 
 		 1433 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.49 
 
 		 470 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.4 
 
 		 395 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  37.8 
 
 		 1433 aa  106  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.12 
 
 		 456 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.27 
 
 		 174 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.35 
 
 		 595 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  38.41 
 
 		 1433 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.74 
 
 		 475 aa  105  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  39.75 
 
 		 379 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.11 
 
 		 453 aa  105  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.33 
 
 		 398 aa  105  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.42 
 
 		 159 aa  105  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  42.04 
 
 		 909 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  40.83 
 
 		 719 aa  105  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.62 
 
 		 375 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  40.65 
 
 		 170 aa  105  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>