More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3974 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  54.5 
 
 		 593 aa  640    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  66.89 
 
 		 601 aa  819    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  67.56 
 
 		 610 aa  795    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  67.6 
 
 		 615 aa  842    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  100 
 
 		 607 aa  1255    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  47.33 
 
 		 619 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  47.87 
 
 		 612 aa  555  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  47.06 
 
 		 619 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  46.86 
 
 		 632 aa  532  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  40.87 
 
 		 616 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  41.96 
 
 		 625 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  39.27 
 
 		 613 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  37.44 
 
 		 616 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  36.03 
 
 		 615 aa  344  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  45.36 
 
 		 314 aa  243  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.07 
 
 		 607 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  26.06 
 
 		 593 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  25.84 
 
 		 588 aa  151  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  27.11 
 
 		 815 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  34.21 
 
 		 710 aa  107  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 		 697 aa  100  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  22.49 
 
 		 634 aa  99.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  23.49 
 
 		 568 aa  97.8  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  31.44 
 
 		 696 aa  94.7  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  27.82 
 
 		 819 aa  92.4  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  30.59 
 
 		 695 aa  91.7  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.18 
 
 		 737 aa  90.1  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  28.94 
 
 		 663 aa  87.4  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  27.37 
 
 		 711 aa  87  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 716 aa  86.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  27.53 
 
 		 574 aa  85.1  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3988  hypothetical protein  66.67 
 
 		 57 aa  80.1  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00319492  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  21.36 
 
 		 827 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 462 aa  79.3  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 714 aa  79  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 		 699 aa  78.6  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 		 708 aa  78.2  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  24.01 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.78 
 
 		 712 aa  75.1  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  23.36 
 
 		 617 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  31.39 
 
 		 662 aa  73.9  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  30.62 
 
 		 705 aa  73.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  25.1 
 
 		 673 aa  72.4  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 		 690 aa  72.8  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 703 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 703 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 695 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  28.57 
 
 		 734 aa  70.9  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  24.88 
 
 		 579 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 		 706 aa  69.7  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  28.29 
 
 		 717 aa  68.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.57 
 
 		 696 aa  67  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.79 
 
 		 704 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 704 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 752 aa  67  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  26.12 
 
 		 671 aa  67  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.79 
 
 		 704 aa  67  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 508 aa  67  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.27 
 
 		 759 aa  66.2  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  26.6 
 
 		 631 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 712 aa  66.2  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  27.92 
 
 		 1136 aa  65.5  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 		 780 aa  65.1  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  25.14 
 
 		 554 aa  63.9  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 737 aa  62  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 821 aa  60.8  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 689 aa  60.8  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  27.07 
 
 		 541 aa  60.5  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  26.46 
 
 		 687 aa  60.1  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 689 aa  60.1  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 689 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 689 aa  60.1  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  35.11 
 
 		 659 aa  60.5  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 691 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 705 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.6 
 
 		 705 aa  59.3  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  25.7 
 
 		 691 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  26.1 
 
 		 691 aa  58.9  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 685 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  28.81 
 
 		 723 aa  58.9  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  25.3 
 
 		 689 aa  58.5  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  47.22 
 
 		 657 aa  58.5  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  26.1 
 
 		 689 aa  58.2  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  22.13 
 
 		 559 aa  58.2  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  44.74 
 
 		 735 aa  57.8  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  40.48 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  40.48 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  38.1 
 
 		 723 aa  56.6  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 515 aa  56.6  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  20.39 
 
 		 726 aa  55.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.25 
 
 		 675 aa  56.2  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.29 
 
 		 674 aa  55.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  27.82 
 
 		 719 aa  55.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 809 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  24.34 
 
 		 655 aa  55.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1013  hypothetical protein  20.39 
 
 		 726 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  24.11 
 
 		 603 aa  55.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  41.38 
 
 		 741 aa  55.5  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3206  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  42.42 
 
 		 554 aa  55.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  36.9 
 
 		 720 aa  55.1  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>