More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3962 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 327 aa  648    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  43.57 
 
 		 344 aa  261  8e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  58.33 
 
 		 264 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  46.4 
 
 		 326 aa  206  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  47.12 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  44.52 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  47.08 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  47.57 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  39.2 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  41.83 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  39.58 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  35.95 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.49 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  39.44 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  36.67 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.24 
 
 		 357 aa  146  5e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  31.53 
 
 		 344 aa  145  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  32.81 
 
 		 351 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  30.23 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  34.08 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  32.63 
 
 		 344 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  36.58 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  35.2 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  30.28 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  28.4 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.35 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.67 
 
 		 363 aa  132  6e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  35.03 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  28.2 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  29.38 
 
 		 348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  30.89 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  34.01 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.41 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  32.17 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.47 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.37 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  34.21 
 
 		 336 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  30.13 
 
 		 328 aa  125  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  32.87 
 
 		 345 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  33.91 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.3 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.87 
 
 		 331 aa  125  9e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  27 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  32.87 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  34.12 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  29.22 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  38.36 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  25.08 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  36.78 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  31.08 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  30.34 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  31 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  31.39 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  28.53 
 
 		 336 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.08 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  29.11 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  27.44 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  31.11 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 347 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  34.13 
 
 		 369 aa  115  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  37.33 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  32.62 
 
 		 417 aa  115  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  35.25 
 
 		 331 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.97 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.16 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  29.05 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  31.72 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  34.23 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  30.7 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  35.02 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  29.9 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  35.02 
 
 		 365 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  31.1 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  25.57 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  29.07 
 
 		 338 aa  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  29.67 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  24.44 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  28.89 
 
 		 366 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  37.24 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  35.46 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.42 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.88 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  34.89 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  28.72 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  30.38 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  28.72 
 
 		 374 aa  109  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  26.26 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  28.72 
 
 		 374 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  33.89 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  32.96 
 
 		 379 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  32.22 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.77 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  34.87 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>