130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3948 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 97 aa  191  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  72.92 
 
 		 96 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  70.83 
 
 		 96 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  42.05 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  45.88 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  41.18 
 
 		 97 aa  67  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  41.18 
 
 		 97 aa  67  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  42.71 
 
 		 97 aa  66.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  44.9 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  37.11 
 
 		 97 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  39.78 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  40.48 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 102 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  45.88 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  40.21 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  43.42 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  36.71 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  36.08 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  38.68 
 
 		 98 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  41.03 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  40.21 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  39.77 
 
 		 102 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  42.11 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  41.25 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  35.44 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  37.97 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  43.68 
 
 		 93 aa  58.9  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  34.41 
 
 		 109 aa  58.2  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  43.01 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  36.47 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  35.79 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  30.85 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  31.87 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  41.49 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  31.87 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  43.16 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  38.75 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  38.75 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  32.14 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  38.36 
 
 		 121 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  35.63 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  39.74 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1221  nucleotidyltransferase domain-containing protein  48.21 
 
 		 64 aa  52  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.35 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  36.59 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  38.04 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  41.25 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  35.44 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  32.89 
 
 		 98 aa  51.6  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  36.25 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  32.18 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  38.27 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  35.8 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  37.36 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  32.67 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  35.53 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 254 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  42.62 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  28.72 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  37.97 
 
 		 113 aa  47.8  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  26.14 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  39.13 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  32.22 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  41.89 
 
 		 111 aa  47.4  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.75 
 
 		 96 aa  47.8  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 101 aa  47  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  26.09 
 
 		 102 aa  46.2  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  32.18 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  36.11 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  33.82 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  38.82 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  34.88 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  31.82 
 
 		 109 aa  44.7  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  35.53 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  33.33 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  34.44 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  32.93 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  32.93 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  35.87 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  33.78 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  30.95 
 
 		 99 aa  43.9  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  46.94 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>