More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3899 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  506  1e-142  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  54.25 
 
 
240 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 
258 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4661  TetR family transcriptional regulator  47.26 
 
 
253 aa  183  2e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.384248  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3370  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 
228 aa  181  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0063882  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
218 aa  92  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
227 aa  78.2  1e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  30.89 
 
 
219 aa  77.8  2e-13  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
220 aa  74.7  1e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
234 aa  72.8  4e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
245 aa  71.2  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  26.7 
 
 
227 aa  70.1  3e-11  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
233 aa  70.1  3e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  3.23068e-05 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
235 aa  69.3  5e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 
235 aa  66.6  3e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
239 aa  66.6  3e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
239 aa  66.2  4e-10  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
245 aa  65.9  5e-10  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 
372 aa  62  9e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
229 aa  61.2  1e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.12 
 
 
232 aa  61.6  1e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 
209 aa  61.2  2e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
226 aa  61.2  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
196 aa  60.1  4e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.45 
 
 
236 aa  59.3  5e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.45 
 
 
236 aa  59.3  5e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 
200 aa  59.7  5e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 
193 aa  59.3  5e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
229 aa  59.3  6e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
203 aa  58.9  7e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
278 aa  58.2  1e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
238 aa  57.8  1e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
278 aa  58.2  1e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
278 aa  58.2  1e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  29.25 
 
 
226 aa  57.8  1e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 
207 aa  58.2  1e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
277 aa  57  2e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
227 aa  57.8  2e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 
244 aa  57.4  2e-07  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
213 aa  57.8  2e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
219 aa  57  3e-07  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
210 aa  57  3e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 
198 aa  56.2  4e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.90193e-07 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 
199 aa  56.2  4e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
233 aa  56.6  4e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  56.6  4e-07  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
199 aa  56.6  4e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
283 aa  56.2  4e-07  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  56.2  4e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3882  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 
190 aa  56.2  5e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 
209 aa  56.2  5e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 
198 aa  55.5  7e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0304787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  27.37 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
232 aa  55.1  1e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
234 aa  54.7  1e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4147  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
234 aa  55.1  1e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
208 aa  54.7  1e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
275 aa  55.1  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.02 
 
 
263 aa  55.1  1e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  25 
 
 
227 aa  54.7  1e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 
233 aa  54.3  2e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
233 aa  54.3  2e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  41.54 
 
 
238 aa  54.3  2e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
233 aa  54.3  2e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
233 aa  54.3  2e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  51.06 
 
 
208 aa  53.5  3e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
235 aa  53.5  3e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  41.54 
 
 
238 aa  53.5  3e-06  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
219 aa  53.5  3e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
227 aa  53.9  3e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
234 aa  53.5  3e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  37.18 
 
 
211 aa  53.5  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
275 aa  53.5  3e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
222 aa  53.9  3e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 
225 aa  53.5  3e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
233 aa  53.9  3e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
233 aa  53.9  3e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
224 aa  53.9  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  26.38 
 
 
205 aa  53.5  3e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
232 aa  53.1  4e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
224 aa  53.1  4e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
244 aa  53.1  4e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  2.26443e-14 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 
235 aa  53.1  4e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 
233 aa  53.1  4e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  35.71 
 
 
218 aa  52.8  5e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  34.38 
 
 
215 aa  52.8  5e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
224 aa  52.8  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
224 aa  52.8  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  29.91 
 
 
213 aa  52.8  5e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 
224 aa  52.8  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
233 aa  52.4  6e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
106 aa  52.4  7e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  44.44 
 
 
214 aa  52  8e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>