108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3879 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 430 aa  877    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  74.52 
 
 		 408 aa  628  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  65.46 
 
 		 409 aa  543  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  60.77 
 
 		 405 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  60.05 
 
 		 417 aa  464  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  56.33 
 
 		 426 aa  448  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  55.94 
 
 		 419 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  52.47 
 
 		 401 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  50.49 
 
 		 420 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  47.56 
 
 		 394 aa  343  2.9999999999999997e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  47.55 
 
 		 387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  43.55 
 
 		 388 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  43.15 
 
 		 358 aa  296  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  43.95 
 
 		 395 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  44.21 
 
 		 364 aa  292  8e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  43.08 
 
 		 390 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  41.1 
 
 		 350 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  41.11 
 
 		 343 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  38.33 
 
 		 349 aa  237  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  34.38 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  38.29 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  38.02 
 
 		 341 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  36.29 
 
 		 338 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  36.29 
 
 		 345 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  37.71 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  33.89 
 
 		 352 aa  199  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  35.18 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  35.18 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  35.2 
 
 		 383 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  36.52 
 
 		 341 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  34.42 
 
 		 345 aa  192  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  36.01 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.16 
 
 		 389 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  33.06 
 
 		 345 aa  173  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  32.78 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  32.41 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.79 
 
 		 393 aa  155  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  28.65 
 
 		 377 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  29.86 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  29.86 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  29.24 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  29.01 
 
 		 353 aa  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  27.34 
 
 		 377 aa  142  9e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  31.36 
 
 		 377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.03 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  28 
 
 		 361 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.21 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.63 
 
 		 374 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  28.42 
 
 		 440 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  28.42 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.35 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  28.87 
 
 		 378 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  29.01 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.61 
 
 		 374 aa  130  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.35 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  27.75 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  28.08 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  28.5 
 
 		 346 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  28.17 
 
 		 366 aa  126  8.000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  26.42 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  26.7 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.52 
 
 		 367 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.89 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  26.94 
 
 		 364 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  26.58 
 
 		 376 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  26.58 
 
 		 376 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  27.49 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  26.58 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  26.32 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  25.92 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  28.68 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  26.63 
 
 		 359 aa  112  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  28.31 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.98 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.02 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  30.47 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  25.77 
 
 		 331 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  28.36 
 
 		 394 aa  99.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  26.3 
 
 		 429 aa  95.5  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  27.09 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  26.37 
 
 		 333 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  29.33 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  26.91 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  59.18 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  34.38 
 
 		 219 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  35.62 
 
 		 935 aa  48.5  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  40.62 
 
 		 1051 aa  47.4  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 566 aa  47  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  35.24 
 
 		 160 aa  46.6  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  44.9 
 
 		 405 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 		 156 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 		 156 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  43.4 
 
 		 439 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  35.09 
 
 		 543 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0789  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 285 aa  45.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  37.5 
 
 		 156 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 		 382 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  34.78 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 651 aa  44.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  36.62 
 
 		 234 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>