More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3539 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  48.55 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 270 aa  209  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  46.96 
 
 		 253 aa  208  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  47.52 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  47.52 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  47.52 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  46.15 
 
 		 253 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  46.15 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 253 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  44.09 
 
 		 249 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 274 aa  198  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  44.63 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  45.64 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 247 aa  195  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  44.58 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  45.02 
 
 		 247 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  44 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  43.6 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  44.4 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 272 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  45.04 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 268 aa  181  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  43.72 
 
 		 249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  43.72 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  42.74 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  43.98 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 248 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  44.81 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  43.25 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  44.4 
 
 		 237 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  42.32 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  44.4 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  38.15 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  41.74 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  43.53 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  45.73 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  44.64 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  40.25 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 248 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  36.93 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 		 249 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  37.08 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  34.45 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  34.47 
 
 		 248 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  36.67 
 
 		 236 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  36.67 
 
 		 236 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 299 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  30.89 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  35.89 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.1 
 
 		 238 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  111  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  35.98 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.6 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  35.39 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  33.88 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.2 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.37 
 
 		 284 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  30.45 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  34.54 
 
 		 275 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  28.23 
 
 		 238 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.2 
 
 		 242 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  33.2 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 218 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  31.36 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  31.36 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  31.36 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  45.39 
 
 		 143 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 		 264 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 218 aa  102  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 218 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  30.91 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  32.56 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  33.75 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  30.17 
 
 		 255 aa  99.4  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.97 
 
 		 258 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.09 
 
 		 244 aa  99.4  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.09 
 
 		 244 aa  99.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>