More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3535 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
300 aa  592  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  79.02 
 
 
301 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.72 
 
 
304 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.68 
 
 
307 aa  431  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.62 
 
 
307 aa  428  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.12 
 
 
301 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.33 
 
 
301 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.67 
 
 
310 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.44 
 
 
300 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  62.29 
 
 
309 aa  348  8e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.99 
 
 
301 aa  348  9e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
310 aa  346  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  60.07 
 
 
300 aa  344  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
300 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
311 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
305 aa  337  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
300 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
319 aa  328  9e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.75 
 
 
301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
308 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 
300 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.23 
 
 
300 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  57.14 
 
 
301 aa  320  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
311 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.3 
 
 
305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
304 aa  318  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.82 
 
 
300 aa  319  5e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.54 
 
 
311 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.48 
 
 
298 aa  315  5e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.6 
 
 
310 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.69 
 
 
296 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
277 aa  305  5.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  59.3 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 
304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.08 
 
 
300 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.49 
 
 
310 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.95 
 
 
304 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
304 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
304 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
304 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  56.94 
 
 
313 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  56.94 
 
 
313 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  56.94 
 
 
313 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  56.6 
 
 
313 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  56.6 
 
 
313 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  56.6 
 
 
313 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  56.6 
 
 
313 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  59.44 
 
 
304 aa  292  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  56.25 
 
 
313 aa  288  9e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
304 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.97 
 
 
290 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
289 aa  274  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.95 
 
 
291 aa  268  8.999999999999999e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.08 
 
 
286 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
278 aa  262  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  51.62 
 
 
278 aa  262  6e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  51.62 
 
 
278 aa  262  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
295 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
287 aa  255  5e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  45.7 
 
 
301 aa  255  7e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 
303 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.16 
 
 
299 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.52 
 
 
298 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.52 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  48.48 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  45.52 
 
 
298 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.52 
 
 
298 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.52 
 
 
298 aa  250  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  45.52 
 
 
298 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
299 aa  249  4e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  44.86 
 
 
300 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.16 
 
 
299 aa  249  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
296 aa  248  6e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.43 
 
 
309 aa  248  7e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
298 aa  247  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.11 
 
 
299 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
285 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.18 
 
 
300 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
280 aa  246  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
300 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
274 aa  246  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 
310 aa  246  4e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.36 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
293 aa  245  6e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
305 aa  245  8e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.51 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  47.21 
 
 
282 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
280 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.17 
 
 
294 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
285 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
312 aa  242  6e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.94 
 
 
295 aa  242  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
302 aa  241  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>