36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3495 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 
194 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  83.21 
 
 
168 aa  231  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  59.86 
 
 
182 aa  178  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  59.39 
 
 
200 aa  178  5e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  59.76 
 
 
183 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  51.37 
 
 
157 aa  146  2e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  56.92 
 
 
167 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  50 
 
 
157 aa  144  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  41.72 
 
 
230 aa  110  1e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.26 
 
 
139 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  41.84 
 
 
257 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  40.65 
 
 
292 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.94 
 
 
258 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.38 
 
 
261 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.38 
 
 
261 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.4 
 
 
254 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  41.07 
 
 
140 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  36.22 
 
 
138 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  35.96 
 
 
138 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.22 
 
 
284 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.01 
 
 
163 aa  84  1e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  33.61 
 
 
322 aa  81.3  8e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.09 
 
 
148 aa  81.3  9e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  35.29 
 
 
187 aa  80.9  1e-14  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  33.61 
 
 
309 aa  80.9  1e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.33 
 
 
139 aa  77  1e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.33 
 
 
139 aa  76.6  2e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  33.85 
 
 
148 aa  76.3  3e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  29.77 
 
 
139 aa  74.3  9e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  29.77 
 
 
139 aa  74.3  9e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  27.52 
 
 
168 aa  71.2  9e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  27.52 
 
 
168 aa  67.4  1e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  26.32 
 
 
159 aa  46.2  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  31.91 
 
 
177 aa  46.2  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4799  hypothetical protein  45.1 
 
 
177 aa  44.7  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01151  hypothetical protein  33.33 
 
 
119 aa  44.3  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>