More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3400 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 384 aa  758    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1091  rod shape-determining protein RodA  88.8 
 
 		 384 aa  670    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  79.43 
 
 		 384 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  83.07 
 
 		 384 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  81.84 
 
 		 386 aa  619  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  78.72 
 
 		 389 aa  607  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  78.95 
 
 		 390 aa  589  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  78.95 
 
 		 390 aa  589  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2191  rod shape-determining protein RodA  77.63 
 
 		 421 aa  553  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.405813 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  72.21 
 
 		 385 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  69.53 
 
 		 384 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  66.76 
 
 		 380 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  63.59 
 
 		 380 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  61.84 
 
 		 382 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  61.84 
 
 		 382 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3363  rod shape-determining protein RodA  63.59 
 
 		 383 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  62.8 
 
 		 380 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3686  rod shape-determining protein RodA  63.32 
 
 		 383 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0048  rod shape-determining protein RodA  61.21 
 
 		 382 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  60 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  60 
 
 		 382 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2290  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765831  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0362  rod shape-determining protein RodA  59.47 
 
 		 382 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0166  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0142  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0099283  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2370  rod shape-determining protein RodA  59.74 
 
 		 382 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3111  rod shape-determining protein RodA  60 
 
 		 382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1742  rod shape-determining protein RodA  59.78 
 
 		 383 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2025  rod shape-determining protein RodA  61.6 
 
 		 383 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0161321  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0240  rod shape-determining protein RodA  65.03 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  57.85 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  50.95 
 
 		 364 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  54.76 
 
 		 366 aa  336  5e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  51.99 
 
 		 366 aa  336  5e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  47.55 
 
 		 368 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  47.14 
 
 		 368 aa  322  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  46.51 
 
 		 368 aa  319  5e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  47.03 
 
 		 368 aa  316  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  49.71 
 
 		 372 aa  315  7e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  46.77 
 
 		 367 aa  315  7e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  46.77 
 
 		 367 aa  315  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  48.71 
 
 		 368 aa  315  8e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  49.12 
 
 		 371 aa  315  8e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  46.72 
 
 		 367 aa  315  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  48.71 
 
 		 368 aa  315  9e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  48.71 
 
 		 368 aa  315  9e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  48.71 
 
 		 368 aa  315  9e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  47.95 
 
 		 374 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  46.8 
 
 		 368 aa  311  9e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  47.85 
 
 		 368 aa  310  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  46.26 
 
 		 373 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  49.13 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  43.35 
 
 		 364 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  43.24 
 
 		 403 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  48.43 
 
 		 368 aa  301  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  48.15 
 
 		 373 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  50.93 
 
 		 372 aa  301  2e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  44.78 
 
 		 383 aa  299  7e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  46.57 
 
 		 371 aa  298  1e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  46.46 
 
 		 376 aa  297  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  44.29 
 
 		 372 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  44.29 
 
 		 372 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  48.07 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  48.9 
 
 		 402 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  49.45 
 
 		 380 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  46.69 
 
 		 373 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  46.81 
 
 		 366 aa  288  9e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  49.71 
 
 		 380 aa  288  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  50.62 
 
 		 361 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4859  rod shape-determining protein RodA  49.72 
 
 		 380 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1485  rod shape-determining protein RodA  46.01 
 
 		 380 aa  286  5e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0929  putative rod shape determining protein  48.58 
 
 		 380 aa  285  7e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  45.17 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4364  cell cycle protein  46.02 
 
 		 381 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  46.58 
 
 		 373 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0104  rod shape-determining protein RodA  47.16 
 
 		 377 aa  279  5e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4806  rod shape-determining protein RodA  48.9 
 
 		 374 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.42676  normal  0.152125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4681  rod shape-determining protein RodA  48.9 
 
 		 380 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  52.05 
 
 		 381 aa  279  7e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  45.15 
 
 		 376 aa  278  8e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4824  rod-shape-determining protein RodA  45.76 
 
 		 381 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0663  rod shape-determining protein RodA  44.89 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00441325  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3340  putative rod shape-determining protein RodA  48.6 
 
 		 381 aa  278  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193411  normal  0.0192453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  47.44 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  48.41 
 
 		 373 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  48.72 
 
 		 370 aa  276  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>