298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3386 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2943  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.6 
 
 
396 aa  687    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1500  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.11 
 
 
363 aa  666    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.656036  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3633  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.6 
 
 
396 aa  687    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677479  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1289  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.85 
 
 
403 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0565  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.77 
 
 
403 aa  645    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.218324  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0430  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.85 
 
 
403 aa  640    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.897908  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2636  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.12 
 
 
402 aa  635    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2509  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.51 
 
 
350 aa  635    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311533  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2940  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.66 
 
 
394 aa  641    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.67 
 
 
376 aa  639    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3680  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.67 
 
 
403 aa  647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.95 
 
 
399 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.730303  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1154  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.43 
 
 
377 aa  646    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3348  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.59 
 
 
400 aa  682    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.443517  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0383  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.53 
 
 
402 aa  652    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0181778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1106  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.05 
 
 
406 aa  705    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154398  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.94 
 
 
411 aa  646    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.885023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.64 
 
 
415 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00871681  normal  0.016373 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3087  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.47 
 
 
395 aa  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2788  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.25 
 
 
396 aa  643    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432936  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3473  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.85 
 
 
403 aa  640    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.281363  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0205  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.65 
 
 
394 aa  647    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000182543  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0113  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.82 
 
 
382 aa  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.967769  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.02 
 
 
403 aa  646    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.33 
 
 
407 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0498  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.02 
 
 
403 aa  646    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3213  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.68 
 
 
403 aa  680    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126363  normal  0.0105971 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.85 
 
 
403 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3274  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.85 
 
 
403 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0596  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.82 
 
 
382 aa  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636491  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.14 
 
 
391 aa  688    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0223  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.65 
 
 
394 aa  642    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000260212  normal  0.80957 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0863  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.56 
 
 
387 aa  691    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661297  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3386  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
387 aa  808    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2804  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76 
 
 
400 aa  634  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.276973  normal  0.329365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3046  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.94 
 
 
402 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2469  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.25 
 
 
408 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00438288  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1975  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.9 
 
 
376 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0400777  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2639  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.63 
 
 
380 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118987  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2265  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.63 
 
 
374 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.247043  hitchhiker  0.00000000794033 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4674  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.32 
 
 
328 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1441  Ribonucleoside-diphosphate reductase  69.91 
 
 
412 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2614  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  68.6 
 
 
408 aa  523  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.15 
 
 
416 aa  519  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1637  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  60.4 
 
 
403 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0261483  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1737  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.85 
 
 
401 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2528  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.57 
 
 
412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.506084  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.85 
 
 
401 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1661  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  66.28 
 
 
415 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3721  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  65.99 
 
 
415 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2459  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66 
 
 
423 aa  512  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.955756  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1209  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.8 
 
 
415 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1177  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66.28 
 
 
416 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.726447  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  65.82 
 
 
367 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.55 
 
 
367 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1191  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66.28 
 
 
416 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149701  normal  0.511312 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3152  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.46 
 
 
416 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.284704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49470  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  65.99 
 
 
415 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0051562  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4238  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66.28 
 
 
416 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4225  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  65.99 
 
 
415 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33300  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  64.53 
 
 
416 aa  501  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2887  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.67 
 
 
391 aa  491  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.395919  normal  0.0685019 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3664  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.31 
 
 
416 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3002  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.15 
 
 
354 aa  488  1e-137  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371001  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0667  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.66 
 
 
420 aa  490  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0871304  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2702  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  59.95 
 
 
369 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4609  Ribonucleoside-diphosphate reductase  62.79 
 
 
360 aa  478  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.384071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3518  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  60.96 
 
 
386 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0483754 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3158  Ribonucleoside-diphosphate reductase  62.21 
 
 
358 aa  475  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.380157  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16400  ribonucleotide reductase, beta subunit  61.95 
 
 
349 aa  472  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.876136  normal  0.394425 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1009  Ribonucleoside-diphosphate reductase  56.78 
 
 
398 aa  472  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.746585  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.68 
 
 
373 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.66937  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2103  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.52 
 
 
354 aa  464  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.197754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0430  Ribonucleoside-diphosphate reductase  59.83 
 
 
347 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2574  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  60.36 
 
 
342 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0215  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  58.02 
 
 
346 aa  428  1e-118  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0959296  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2622  Ribonucleoside-diphosphate reductase  57.65 
 
 
353 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00719466  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2337  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  49.85 
 
 
330 aa  344  2e-93  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2656  Ribonucleoside-diphosphate reductase  49.09 
 
 
330 aa  339  5e-92  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.840275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3460  amino acid adenylation  40.05 
 
 
368 aa  279  5e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3856  ribonucleoside-diphosphate reductase  40.9 
 
 
352 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.468759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1715  Ribonucleoside-diphosphate reductase  38.81 
 
 
364 aa  246  6e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.957793  normal  0.0111265 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21930  ribonucleotide reductase, beta subunit  36.42 
 
 
365 aa  210  3e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.113756  normal  0.84337 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1725  ribonucleoside-diphosphate reductase  36.73 
 
 
348 aa  207  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4876  ribonucleoside-diphosphate reductase  35.19 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0340967 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2041  Ribonucleoside-diphosphate reductase  34.88 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.0413781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4387  ribonucleoside-diphosphate reductase  34.26 
 
 
350 aa  196  5.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.86185  normal  0.405922 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6268  Ribonucleoside-diphosphate reductase  33.33 
 
 
331 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0689361 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5565  Ribonucleoside-diphosphate reductase  32.45 
 
 
338 aa  186  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0738  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  33.96 
 
 
338 aa  182  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00633879  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0207  Ribonucleoside-diphosphate reductase  31.79 
 
 
339 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0013  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.66 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0212  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  32.7 
 
 
329 aa  170  4e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0119093  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2355  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  32.64 
 
 
344 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1600  Ribonucleoside-diphosphate reductase  32.34 
 
 
369 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0974461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0505  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.53 
 
 
319 aa  163  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.350421 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2670  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  32.34 
 
 
344 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0052  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.28 
 
 
353 aa  160  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0950688  normal  0.0372679 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2093  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.55 
 
 
340 aa  159  7e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0029  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.55 
 
 
340 aa  159  1e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000949111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>