More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3117 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
399 aa  831    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.89 
 
 
395 aa  627  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  70.13 
 
 
396 aa  585  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  70.13 
 
 
396 aa  585  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  70.13 
 
 
396 aa  585  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  68.53 
 
 
396 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.18 
 
 
393 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  64.82 
 
 
401 aa  547  1e-154  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  65.05 
 
 
403 aa  545  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  64.63 
 
 
393 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.32 
 
 
404 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.1 
 
 
412 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.94 
 
 
638 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
617 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  29.88 
 
 
656 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  29.27 
 
 
637 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30 
 
 
628 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.57 
 
 
680 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.91 
 
 
627 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.91 
 
 
627 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.91 
 
 
627 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.94 
 
 
627 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.78 
 
 
643 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.94 
 
 
627 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.94 
 
 
630 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  28.16 
 
 
635 aa  116  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.03 
 
 
343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.57 
 
 
629 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.4 
 
 
600 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.8 
 
 
614 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.36 
 
 
605 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.59 
 
 
641 aa  114  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.02 
 
 
652 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.36 
 
 
605 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.86 
 
 
607 aa  113  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  25.79 
 
 
647 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.22 
 
 
627 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  29.34 
 
 
649 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.74 
 
 
625 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.2 
 
 
606 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.94 
 
 
644 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.98 
 
 
646 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.14 
 
 
633 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.2 
 
 
660 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.05 
 
 
642 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.62 
 
 
648 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.21 
 
 
651 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.46 
 
 
609 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.84 
 
 
664 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  28.36 
 
 
614 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.44 
 
 
613 aa  109  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.27 
 
 
478 aa  109  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.46 
 
 
652 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.42 
 
 
626 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.98 
 
 
676 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.42 
 
 
610 aa  107  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.71 
 
 
653 aa  106  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.37 
 
 
614 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.36 
 
 
629 aa  106  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.14 
 
 
647 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.3 
 
 
330 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.14 
 
 
647 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2927  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.42 
 
 
633 aa  104  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.914767  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1354  putative epimerase/dehydratase WbiI  26.39 
 
 
595 aa  103  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.27 
 
 
616 aa  104  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0248  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.18 
 
 
664 aa  103  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.250562  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.82 
 
 
656 aa  103  7e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  28.44 
 
 
625 aa  103  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.22 
 
 
335 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.11 
 
 
650 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  26.25 
 
 
613 aa  102  1e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.67 
 
 
620 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.1 
 
 
619 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.75 
 
 
637 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.5 
 
 
594 aa  102  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.190847  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.63 
 
 
653 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0949  general glycosylation pathway protein  26.58 
 
 
597 aa  102  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.266256  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.13 
 
 
646 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  25.99 
 
 
520 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.36 
 
 
664 aa  101  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.98 
 
 
659 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.62 
 
 
653 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.94 
 
 
665 aa  100  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  25.9 
 
 
644 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1258  UDP-GlcNAc C4,6 dehydratase  27.98 
 
 
587 aa  100  6e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.62797  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0447  FO synthase subunit 2 (7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase subunit 2)  26.92 
 
 
593 aa  100  6e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.22 
 
 
610 aa  99.8  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.44 
 
 
607 aa  99.8  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.39 
 
 
332 aa  99.8  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1769  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.78 
 
 
577 aa  99.4  9e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.44 
 
 
679 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  25.85 
 
 
621 aa  99  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.57 
 
 
645 aa  99  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.47 
 
 
646 aa  99.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>