More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3060 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3060  GTP-binding protein Era  100 
 
 		 357 aa  734    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.547585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3634  GTP-binding protein Era  90.25 
 
 		 314 aa  596  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.407522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2619  GTP-binding protein Era  71.39 
 
 		 337 aa  487  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1197  GTP-binding protein Era  70.26 
 
 		 344 aa  485  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  0.0122322 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3266  GTP-binding protein Era  71.39 
 
 		 337 aa  487  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0242334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5260  GTP-binding protein Era  73.02 
 
 		 344 aa  487  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.678388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1403  GTP-binding protein Era  73.4 
 
 		 321 aa  477  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1744  GTP-binding protein Era  72.55 
 
 		 314 aa  471  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000728906  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0651  putative GTP-binding protein  70.42 
 
 		 312 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3237  GTP-binding protein Era  67.88 
 
 		 340 aa  454  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0597  GTP-binding protein Era  62.57 
 
 		 348 aa  438  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1064  GTP-binding protein Era  63.48 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0212543  normal  0.0907756 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4247  GTP-binding protein Era  62.41 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1731  GTP-binding protein Era  62.41 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.379458  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0655  GTP-binding protein Era  62.41 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1135  GTP-binding protein Era  62.41 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0929  GTP-binding protein Era  62.46 
 
 		 312 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163867  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2251  GTP-binding protein Era  61.99 
 
 		 311 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.41102  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0994  GTP-binding protein Era  62.46 
 
 		 312 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.307835  normal  0.0847852 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1011  GTP-binding protein Era  62.41 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.262432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2816  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.989072  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0544  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2894  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2839  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1788  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2417  GTP-binding protein Era  62.67 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.262207 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2465  GTP-binding protein Era  61.38 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2778  GTP-binding protein Era  61.03 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2169  GTP-binding protein Era  60.69 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0368513  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2898  GTP-binding protein Era  60.34 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22233  normal  0.295103 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1093  GTP-binding protein Era  62.02 
 
 		 287 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1086  GTP-binding protein Era  59.66 
 
 		 299 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1015  GTP-binding protein Era  62.02 
 
 		 287 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0842  GTP-binding protein Era  59.93 
 
 		 287 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0615921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2311  GTP-binding protein Era  58.92 
 
 		 309 aa  360  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254696  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0407  GTP-binding protein Era  56.96 
 
 		 311 aa  356  3.9999999999999996e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2030  GTP-binding protein Era  56.9 
 
 		 294 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0924182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0864  GTP-binding protein Era  56.06 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1008  GTP-binding protein Era  56.06 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.028746 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2085  GTPase  53.77 
 
 		 297 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.965881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0414  GTP-binding protein Era  54.55 
 
 		 297 aa  330  3e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1754  GTP-binding protein Era  51.38 
 
 		 302 aa  323  3e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.141942  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0973  GTP-binding protein Era  48.62 
 
 		 311 aa  304  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1004  GTP-binding protein Era  48.62 
 
 		 311 aa  304  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0641  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.354328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3148  GTP-binding protein Era  51.03 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159525  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1387  GTP-binding protein Era  51.7 
 
 		 308 aa  296  4e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.263237  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2457  GTP-binding protein Era  50.69 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1160  GTP-binding protein Era  43.99 
 
 		 338 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15184  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1239  GTP-binding protein Era  50.17 
 
 		 300 aa  288  1e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.680465  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0881  GTP-binding protein Era  47.95 
 
 		 332 aa  288  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.427391  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1349  GTP-binding protein Era  47.26 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2847  GTP-binding protein Era  47.26 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.410629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2929  GTP-binding protein Era  47.26 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.275755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2928  GTP-binding protein Era  46.92 
 
 		 334 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3025  GTP-binding protein Era  47.26 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.118015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3111  GTP-binding protein Era  43.7 
 
 		 338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00956624  hitchhiker  0.00355255 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1348  GTP-binding protein Era  48.8 
 
 		 315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1246  GTP-binding protein Era  44.24 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00162731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02997  GTP-binding protein Era  48.68 
 
 		 314 aa  286  5e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249422  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1202  GTP-binding protein Era  43.7 
 
 		 338 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1279  GTP-binding protein Era  43.7 
 
 		 338 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.446406  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4121  GTP-binding protein Era  50.87 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.383616  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2765  GTP-binding protein Era  46.92 
 
 		 334 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00576917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3053  GTP-binding protein Era  49.14 
 
 		 301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.0104922 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02460  GTP-binding protein Era  48.65 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1102  GTP-binding protein Era  48.65 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0130588  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1111  GTP-binding protein Era  48.65 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02424  hypothetical protein  48.65 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2721  GTP-binding protein Era  48.65 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1244  GTP-binding protein Era  43.33 
 
 		 329 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000178109  unclonable  0.0000000143866 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3802  GTP-binding protein Era  48.65 
 
 		 301 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3070  GTP-binding protein Era  47.96 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.129104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1069  GTP-binding protein Era  48.8 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2719  GTP-binding protein Era  48.31 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0551516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2958  GTP-binding protein Era  49.14 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2823  GTP-binding protein Era  49.14 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2931  GTP-binding protein Era  48.31 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.163008  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2852  GTP-binding protein Era  48.31 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0251331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2742  GTP-binding protein Era  49.14 
 
 		 301 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03535  GTP-binding protein Era  48.46 
 
 		 320 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2784  GTP-binding protein Era  49.14 
 
 		 301 aa  280  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.731152  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1205  GTP-binding protein Era  47.62 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.745594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1149  GTP-binding protein Era  43.16 
 
 		 335 aa  279  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.28675  normal  0.946741 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2846  GTP-binding protein Era  48.8 
 
 		 301 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127784  normal  0.818064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2783  GTP-binding protein Era  48.8 
 
 		 301 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3668  GTP-binding protein Era  48.3 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2974  GTP-binding protein Era  46.92 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0899132  hitchhiker  0.00507105 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1190  GTP-binding protein Era  46.82 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.442285  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1137  GTP-binding protein Era  46.82 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472293  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3612  GTP-binding protein Era  46.82 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.387158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0482  GTP-binding protein Era  47.59 
 
 		 295 aa  276  5e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1055  GTP-binding protein Era  46.58 
 
 		 331 aa  275  6e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.305359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2038  GTP-binding protein Era  47.19 
 
 		 324 aa  275  6e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.655908  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002498  GTP-binding protein Era  47.78 
 
 		 320 aa  276  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1247  GTP-binding protein Era  45.86 
 
 		 300 aa  275  8e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.734456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1632  GTP-binding protein Era  45.08 
 
 		 299 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1038  GTP-binding protein Era  42.9 
 
 		 330 aa  272  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00137835  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2524  GTP-binding protein Era  46.08 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00258575  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1685  GTP-binding protein Era  46.9 
 
 		 295 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>