126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3003 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3003  hypothetical protein  100 
 
 
283 aa  567  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3568  hypothetical protein  88.89 
 
 
282 aa  511  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.747718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1456  transglutaminase domain protein  74.82 
 
 
283 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1169  hypothetical protein  72.7 
 
 
283 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2526  hypothetical protein  72.95 
 
 
283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.846479  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1775  hypothetical protein  69.89 
 
 
283 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2998  hypothetical protein  63.83 
 
 
282 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398739  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2425  hypothetical protein  63.12 
 
 
282 aa  350  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3024  hypothetical protein  56.32 
 
 
289 aa  331  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2183  hypothetical protein  56.04 
 
 
281 aa  311  9e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2558  hypothetical protein  53.11 
 
 
281 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2767  hypothetical protein  53.48 
 
 
282 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2906  hypothetical protein  52.75 
 
 
282 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.938112 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2428  hypothetical protein  52.01 
 
 
281 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2834  hypothetical protein  52.01 
 
 
281 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0875238  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3201  hypothetical protein  50.36 
 
 
280 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0130133  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0761  hypothetical protein  50.36 
 
 
280 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0671  hypothetical protein  48.94 
 
 
290 aa  268  7e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0533  hypothetical protein  50 
 
 
283 aa  265  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1758  hypothetical protein  45.22 
 
 
280 aa  264  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.542914  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5881  hypothetical protein  51.11 
 
 
280 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624652  normal  0.456824 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0747  hypothetical protein  52.22 
 
 
280 aa  251  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.583133  normal  0.492979 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1937  hypothetical protein  51.11 
 
 
280 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2549  hypothetical protein  51.11 
 
 
280 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.934561  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2573  hypothetical protein  51.11 
 
 
280 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.590374 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2598  hypothetical protein  51.48 
 
 
280 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2468  hypothetical protein  50.36 
 
 
284 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0737  hypothetical protein  52.59 
 
 
280 aa  243  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1078  hypothetical protein  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0679  transcriptional regulator  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2514  hypothetical protein  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0922  hypothetical protein  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.425881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0925  hypothetical protein  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0128  hypothetical protein  51.1 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1473  hypothetical protein  48.72 
 
 
218 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.797183 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3633  hypothetical protein  37.59 
 
 
265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2475  hypothetical protein  37.59 
 
 
265 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2624  hypothetical protein  36.13 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000153014  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1339  hypothetical protein  34.05 
 
 
284 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2894  hypothetical protein  33.7 
 
 
266 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2745  hypothetical protein  41.04 
 
 
282 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.51321  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0834  hypothetical protein  36.88 
 
 
281 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0745  TPR repeat-containing protein  36.88 
 
 
281 aa  159  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02386  tetratricopeptide repeat domain protein  36.9 
 
 
293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2651  hypothetical protein  41.26 
 
 
283 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.702443  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1215  hypothetical protein  40.71 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00122571  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3285  hypothetical protein  36.03 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.646924  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0503  hypothetical protein  31.25 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.794885  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4192  hypothetical protein  36.19 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00269295 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5388  hypothetical protein  39.9 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.666876  normal  0.357549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2554  hypothetical protein  36.94 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.11238  normal  0.887248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0042  hypothetical protein  34.38 
 
 
294 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00533467  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1368  hypothetical protein  27.8 
 
 
272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.880811 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_6509  predicted protein  32.38 
 
 
216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236184  normal  0.418162 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2055  hypothetical protein  30.19 
 
 
279 aa  109  5e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0176  hypothetical protein  29.36 
 
 
271 aa  102  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.244166 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0499  hypothetical protein  32.2 
 
 
288 aa  99  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.623817  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2893  hypothetical protein  29.44 
 
 
282 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10688 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004200  protein SirB1  26.97 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01253  hypothetical protein  26.25 
 
 
269 aa  90.1  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4618  hypothetical protein  29.34 
 
 
268 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4478  hypothetical protein  29.34 
 
 
268 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.242324  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1027  hypothetical protein  28.42 
 
 
267 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4602  hypothetical protein  27.8 
 
 
268 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795214  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1753  hypothetical protein  25.97 
 
 
270 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302338  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0284  hypothetical protein  32.23 
 
 
289 aa  84  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.964229  normal  0.168748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0820  hypothetical protein  29.74 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5838  hypothetical protein  28.37 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1610  hypothetical protein  26.14 
 
 
281 aa  82.8  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119985  normal  0.579551 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3860  hypothetical protein  33.86 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.493821  normal  0.355777 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1993  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 
269 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.236117  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1191  hypothetical protein  27.66 
 
 
267 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0793  protein SirB1  22.55 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.293934  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0753  hypothetical protein  26.52 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53164  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1858  putative transcriptional regulator  26.45 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155221  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0947  hypothetical protein  25.56 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2075  putative transcriptional regulator  25.73 
 
 
269 aa  75.5  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01189  predicted transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.506875  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2433  sirB1 protein  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00804318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1695  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0244126  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1319  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000562395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1362  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00721974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2412  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.402469  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1928  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0634354  normal  0.0610741 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1378  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0629002  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01199  hypothetical protein  25.86 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2404  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2111  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19860  hypothetical protein  28.52 
 
 
270 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0730355  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0914  hypothetical protein  29.6 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3249  hypothetical protein  28.57 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43473  predicted protein  33.33 
 
 
437 aa  70.5  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2063  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 
269 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000599802  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3588  hypothetical protein  42.86 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2457  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 
269 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507867  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2176  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 
269 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.064164  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0869  putative transcritional regulator  30.69 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.202416  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2563  hypothetical protein  27.98 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.610667  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2559  hypothetical protein  25 
 
 
304 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.026679  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0701  hypothetical protein  25.65 
 
 
262 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>