More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2964 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 293 aa  613  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  89.29 
 
 		 280 aa  530  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  81.23 
 
 		 279 aa  481  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  80.87 
 
 		 279 aa  480  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  80.65 
 
 		 279 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  79.57 
 
 		 279 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  80.65 
 
 		 281 aa  457  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  76.43 
 
 		 280 aa  454  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  81.07 
 
 		 286 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  73.38 
 
 		 278 aa  435  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  72.08 
 
 		 287 aa  393  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  58.12 
 
 		 277 aa  342  5e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  60.81 
 
 		 277 aa  339  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  55.94 
 
 		 302 aa  326  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  54.21 
 
 		 293 aa  320  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  55.84 
 
 		 278 aa  319  3e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  54.64 
 
 		 280 aa  318  7e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  52.75 
 
 		 285 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  54.15 
 
 		 281 aa  298  5e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  48.94 
 
 		 290 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  49.1 
 
 		 277 aa  278  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  49.27 
 
 		 277 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  47.25 
 
 		 276 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  43.87 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  42.46 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  43.07 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  42.81 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  43.87 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  43.87 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  42.22 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  42.22 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  42.12 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  42.12 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  42.12 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  40.59 
 
 		 284 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  41.45 
 
 		 280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  41.45 
 
 		 280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  42.18 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  42.07 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  44.61 
 
 		 352 aa  218  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  43.38 
 
 		 277 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  43.07 
 
 		 303 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  37.92 
 
 		 288 aa  195  9e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  38.55 
 
 		 284 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  41.06 
 
 		 337 aa  175  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  37.21 
 
 		 268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  39.11 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  40.88 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  34.93 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  38.34 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  33.7 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  34.55 
 
 		 316 aa  152  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  35.44 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  33.71 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  32.59 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  32.7 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  34.13 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  32.97 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  32.53 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  34.63 
 
 		 273 aa  147  3e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  32.96 
 
 		 311 aa  145  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  37.4 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  32.27 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  36.14 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36.02 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  34.16 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  32.95 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  32.56 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  32.56 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  32.97 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  32.63 
 
 		 687 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  36.5 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  32.34 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  32.56 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  32.85 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  39.33 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  32.36 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  31.2 
 
 		 312 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  35.09 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  33.46 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  32.21 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  31.2 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  35.38 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  32.1 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  32.84 
 
 		 283 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  32.84 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  32.84 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  33.6 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30.57 
 
 		 313 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  31.02 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  30.9 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  30.57 
 
 		 397 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.32 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  34.01 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  30.8 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  29.26 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>