More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2963 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 
693 aa  1415  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  9.79868e-06  decreased coverage  0.000575313 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1436  DEAD/DEAH box helicase domain protein  77.39 
 
 
691 aa  1097  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  6.31982e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3804  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.57 
 
 
698 aa  641  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00343497  decreased coverage  1.40841e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0559  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.86 
 
 
698 aa  652  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000154535  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.12 
 
 
708 aa  688  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.449772  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1571  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.7 
 
 
693 aa  712  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  6.0483e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1532  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  54.35 
 
 
697 aa  727  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1318  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  51.37 
 
 
756 aa  659  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0376564  decreased coverage  1.22508e-08 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1126  ATP-dependent DNA helicase RecQ  74.64 
 
 
691 aa  1056  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.760992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0673  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  48.07 
 
 
695 aa  617  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.293047  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4347  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.48 
 
 
699 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0558193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3718  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 
698 aa  609  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0485  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.97 
 
 
697 aa  600  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0315  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.64 
 
 
698 aa  490  1e-137  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316141  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.18 
 
 
689 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06850  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.94 
 
 
713 aa  473  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3301  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.23 
 
 
723 aa  470  1e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03530  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.13 
 
 
734 aa  462  1e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4657  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.73 
 
 
691 aa  459  1e-128  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.17835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4745  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.73 
 
 
691 aa  459  1e-128  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.865957 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1626  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.67 
 
 
706 aa  458  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135098  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5040  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.58 
 
 
691 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26563  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5233  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.06 
 
 
704 aa  456  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.157625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5584  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.93 
 
 
718 aa  452  1e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128967  normal  0.346665 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18920  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.52 
 
 
762 aa  454  1e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.275245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1193  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.36 
 
 
691 aa  450  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346189  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3226  ATP-dependent DNA helicase RecQ family  42.71 
 
 
691 aa  450  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225844  hitchhiker  1.86089e-05 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1524  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.03 
 
 
712 aa  452  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22560  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.38 
 
 
979 aa  447  1e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188991  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0447  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.43 
 
 
708 aa  444  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0452326  decreased coverage  6.47403e-06 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5950  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.68 
 
 
749 aa  440  1e-122  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0569292 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1091  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.61 
 
 
788 aa  437  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.305899  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4035  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.3 
 
 
679 aa  438  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000527005  normal  0.0486665 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0376  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.5 
 
 
712 aa  435  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0672  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.2 
 
 
729 aa  435  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20415  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1612  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.97 
 
 
733 aa  435  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.644858 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0819  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.03 
 
 
745 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0677  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.24 
 
 
754 aa  424  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00766403  normal  0.0478204 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.35 
 
 
724 aa  424  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.586353  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2394  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.54 
 
 
756 aa  424  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396069  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.41 
 
 
766 aa  419  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.572742  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0133  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.54 
 
 
714 aa  415  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.931384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0184  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.95 
 
 
741 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0827  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.51 
 
 
706 aa  407  1e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.493882  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1940  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.57 
 
 
706 aa  402  1e-110  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.187923  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0495  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.5 
 
 
448 aa  250  6e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00264596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2541  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  37.67 
 
 
646 aa  203  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0694576  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.25 
 
 
659 aa  203  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  36.19 
 
 
654 aa  201  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.09 
 
 
658 aa  201  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4236  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  36.29 
 
 
535 aa  201  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.09 
 
 
665 aa  200  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.76 
 
 
641 aa  199  1e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.2 
 
 
662 aa  199  1e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  36.2 
 
 
662 aa  199  1e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.16 
 
 
658 aa  199  1e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.87 
 
 
617 aa  198  2e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.92 
 
 
646 aa  198  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  36.11 
 
 
679 aa  198  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.61 
 
 
622 aa  198  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.18 
 
 
633 aa  198  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  32.98 
 
 
707 aa  198  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.2 
 
 
662 aa  197  4e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  38.41 
 
 
690 aa  197  8e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  37.82 
 
 
615 aa  196  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.94 
 
 
662 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6077  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.8 
 
 
618 aa  195  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.9148  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.6 
 
 
563 aa  196  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  1.99537e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.54 
 
 
602 aa  195  3e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.7 
 
 
616 aa  194  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3149  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.59 
 
 
1376 aa  194  6e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.212538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.24 
 
 
621 aa  193  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.75 
 
 
708 aa  193  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0744  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.47 
 
 
593 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0761  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.47 
 
 
593 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.089844  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.67 
 
 
705 aa  192  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2865  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.67 
 
 
705 aa  192  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000591362  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  33.58 
 
 
793 aa  191  3e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.67 
 
 
705 aa  191  3e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39283e-07 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  35.67 
 
 
705 aa  192  3e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2576  ATP-dependent DNA helicase (RecQ)  35.67 
 
 
705 aa  191  3e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238404  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4797  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.63 
 
 
590 aa  191  3e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.81 
 
 
645 aa  191  3e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6329  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  36.39 
 
 
588 aa  191  3e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  35.62 
 
 
716 aa  191  5e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  1.63586e-06  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2398  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.76 
 
 
606 aa  191  5e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.75 
 
 
619 aa  191  5e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.49 
 
 
681 aa  190  6e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2627  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.39 
 
 
705 aa  190  7e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2818  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.39 
 
 
705 aa  190  7e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.01256  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  32.97 
 
 
608 aa  190  7e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  32.97 
 
 
608 aa  190  1e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.93 
 
 
705 aa  189  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0270  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.42 
 
 
615 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.816269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.42 
 
 
615 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.83 
 
 
594 aa  188  3e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.28 
 
 
674 aa  188  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1542  ATP-dependent DNA helicase RecQ  32.96 
 
 
592 aa  187  5e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.260757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2826  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.65 
 
 
705 aa  186  9e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  34.07 
 
 
639 aa  186  1e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>