More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2950 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  86.21 
 
 		 393 aa  666    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 387 aa  785    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  87.16 
 
 		 390 aa  656    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  77.08 
 
 		 394 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  73.37 
 
 		 389 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  71.65 
 
 		 387 aa  563  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  72.8 
 
 		 392 aa  558  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  71.02 
 
 		 395 aa  558  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  70 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  68.21 
 
 		 390 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  65.37 
 
 		 395 aa  523  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  68.14 
 
 		 390 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  62.5 
 
 		 390 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  64.08 
 
 		 406 aa  496  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  60.41 
 
 		 395 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  58.88 
 
 		 395 aa  485  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  58.88 
 
 		 395 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  60.65 
 
 		 402 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  59.57 
 
 		 402 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  54.72 
 
 		 392 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  56.01 
 
 		 392 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  34.92 
 
 		 390 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  35.75 
 
 		 412 aa  216  5.9999999999999996e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 		 389 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 		 410 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  35.05 
 
 		 399 aa  202  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  37.1 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  34.81 
 
 		 388 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  38.62 
 
 		 398 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  33.95 
 
 		 413 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 		 391 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 		 389 aa  195  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  33.06 
 
 		 390 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  34.09 
 
 		 401 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 		 400 aa  191  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 		 389 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 		 386 aa  183  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 		 390 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 		 391 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 		 391 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  34.03 
 
 		 390 aa  177  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  34.02 
 
 		 392 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 		 389 aa  176  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 		 392 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  37.24 
 
 		 387 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 390 aa  169  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 389 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 		 379 aa  169  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 		 395 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  32.44 
 
 		 414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  33.15 
 
 		 392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 		 395 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 		 397 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 		 401 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 388 aa  156  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 388 aa  156  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 399 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  31.16 
 
 		 392 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 376 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 		 390 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  31.4 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 		 391 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  31.18 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 423 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 399 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 390 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 390 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.91 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  31.16 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 390 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  26.2 
 
 		 393 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.57 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 391 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  31.17 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 413 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 386 aa  116  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  30.68 
 
 		 416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 396 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 		 417 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>