More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2735 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  614  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 
307 aa  449  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 
310 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 
339 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 
307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 
303 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
305 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
317 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
306 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 
300 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
323 aa  142  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.33 
 
 
304 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 
304 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
321 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.03 
 
 
300 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
309 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
317 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  32.97 
 
 
347 aa  135  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
303 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
308 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
308 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.97 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.67 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
302 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
332 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 
313 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  29.7 
 
 
317 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 
326 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
301 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
322 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
310 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
309 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
309 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
315 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
318 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
309 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 
301 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
326 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
303 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
353 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
306 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
313 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
299 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
319 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
306 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
311 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
309 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
310 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.43 
 
 
309 aa  123  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
311 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
333 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
301 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
313 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
301 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.56 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.07 
 
 
311 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.2 
 
 
321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
307 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
333 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
317 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 
298 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 
297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>