More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2490 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  82.06 
 
 		 301 aa  526  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 301 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  58.8 
 
 		 301 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  58.53 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 432 aa  365  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  55.92 
 
 		 309 aa  363  2e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  55.7 
 
 		 304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.33 
 
 		 300 aa  350  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 301 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 332 aa  308  9e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 317 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  47.73 
 
 		 321 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 314 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 345 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 327 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 331 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 317 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  37.2 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 325 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 316 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.15 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.46 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.25 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.67 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 319 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  36.18 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>