More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2075 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  61.09 
 
 		 235 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  59.63 
 
 		 223 aa  256  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  57.4 
 
 		 239 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  54.91 
 
 		 233 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  52.68 
 
 		 249 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  52.68 
 
 		 234 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  52.68 
 
 		 233 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  52.68 
 
 		 233 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  52.68 
 
 		 233 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  49.57 
 
 		 233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 269 aa  182  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  40.71 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  44.09 
 
 		 247 aa  171  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  46.73 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  43.89 
 
 		 252 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  45.13 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  44.44 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  41.98 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  40.76 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 258 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  37.22 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  41.44 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 255 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.87 
 
 		 259 aa  135  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  36.4 
 
 		 253 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  38.5 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.45 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  33.48 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  41.2 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  37.21 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.14 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.14 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  36.82 
 
 		 258 aa  129  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  36.82 
 
 		 258 aa  129  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  36.82 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.82 
 
 		 258 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  37.39 
 
 		 231 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  34.17 
 
 		 252 aa  125  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  36.24 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  36.24 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  38.6 
 
 		 245 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 256 aa  125  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 		 246 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  35.35 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.23 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.23 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.23 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  40.76 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  34.02 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  34.02 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  34.02 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  122  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  34.53 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.53 
 
 		 257 aa  119  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0881  GntR domain protein  37.12 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.93 
 
 		 235 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.03 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  39.47 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.5 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.5 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  33.48 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.5 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.5 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  36.74 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.5 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  34.84 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>