More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1924 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
144 aa  290  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  87.5 
 
 
142 aa  251  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.18 
 
 
142 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.36 
 
 
141 aa  205  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.92 
 
 
144 aa  202  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.01 
 
 
141 aa  199  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.01 
 
 
141 aa  199  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.01 
 
 
141 aa  196  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.42 
 
 
147 aa  187  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.67 
 
 
141 aa  181  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  65.22 
 
 
147 aa  175  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  55.32 
 
 
143 aa  156  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.43 
 
 
143 aa  154  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.61 
 
 
142 aa  153  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.86 
 
 
143 aa  153  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.9 
 
 
142 aa  149  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.86 
 
 
141 aa  140  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
137 aa  135  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
138 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.55 
 
 
140 aa  133  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  49.64 
 
 
138 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.2 
 
 
141 aa  123  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.41 
 
 
149 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 
158 aa  111  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.13 
 
 
140 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
140 aa  90.9  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
140 aa  89  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.53 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  34.68 
 
 
154 aa  84.3  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 
140 aa  84  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.03 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.03 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.2 
 
 
145 aa  81.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  34.33 
 
 
143 aa  81.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  35.2 
 
 
145 aa  81.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
158 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.03 
 
 
141 aa  77.8  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
142 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
140 aa  77  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.33 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.65 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  31.97 
 
 
146 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  31.97 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  31.11 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  30.3 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  34.13 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  30.53 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
140 aa  64.3  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
159 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.86 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
158 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.71 
 
 
136 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 
136 aa  61.6  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
136 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  26.98 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  30.71 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  30.71 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  30.71 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28 
 
 
136 aa  60.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  28.69 
 
 
134 aa  61.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
137 aa  60.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  27.86 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.13 
 
 
142 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.76 
 
 
144 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.02 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  29.13 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  29.13 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
137 aa  58.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  29.85 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  30.16 
 
 
142 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  29.05 
 
 
151 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  29.05 
 
 
151 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 
137 aa  58.2  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
140 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
149 aa  57.8  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.09 
 
 
136 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.39 
 
 
135 aa  57.4  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>