More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1865 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
344 aa  707    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  78.72 
 
 
344 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  63.5 
 
 
334 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.59 
 
 
339 aa  437  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  64.09 
 
 
327 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  64.4 
 
 
356 aa  419  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.59 
 
 
334 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  64.4 
 
 
334 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  59.28 
 
 
344 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.7 
 
 
334 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.64 
 
 
403 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.49 
 
 
403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  51.95 
 
 
369 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  51.11 
 
 
360 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.95 
 
 
402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  50.79 
 
 
402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  50.79 
 
 
402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  51.25 
 
 
400 aa  269  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  46.11 
 
 
358 aa  267  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 
407 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 
405 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.31 
 
 
391 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
438 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  49.55 
 
 
431 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.39 
 
 
395 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.39 
 
 
395 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  49.39 
 
 
389 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  47.88 
 
 
370 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  49.39 
 
 
389 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  49.39 
 
 
389 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  49.09 
 
 
395 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  49.09 
 
 
389 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  48.21 
 
 
370 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.17 
 
 
313 aa  258  8e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
318 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.34 
 
 
321 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
436 aa  256  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.43 
 
 
356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  45.31 
 
 
344 aa  253  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.79 
 
 
327 aa  252  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 
318 aa  249  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.67 
 
 
319 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  47.99 
 
 
318 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  48.63 
 
 
318 aa  246  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  44.12 
 
 
329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.7 
 
 
302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 
302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  41.21 
 
 
321 aa  240  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.92 
 
 
300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.37 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 
302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.36 
 
 
323 aa  239  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  46.26 
 
 
302 aa  239  4e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  41.21 
 
 
321 aa  239  5e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.04 
 
 
302 aa  238  8e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.12 
 
 
308 aa  238  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.04 
 
 
302 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
300 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.33 
 
 
305 aa  237  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  47.59 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  44.24 
 
 
331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  45.86 
 
 
315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.05 
 
 
323 aa  236  5.0000000000000005e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  44.24 
 
 
327 aa  235  7e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.91 
 
 
302 aa  233  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  44.93 
 
 
323 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  44.26 
 
 
323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  42.31 
 
 
323 aa  233  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  42.35 
 
 
310 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.64 
 
 
304 aa  232  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.35 
 
 
319 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.26 
 
 
304 aa  232  6e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 
304 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.4 
 
 
325 aa  229  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  44.23 
 
 
324 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  46.36 
 
 
352 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  46.5 
 
 
313 aa  229  7e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.78 
 
 
327 aa  228  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  46.36 
 
 
352 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 
327 aa  229  8e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.21 
 
 
303 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  42.04 
 
 
324 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  46.31 
 
 
320 aa  228  2e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.24 
 
 
325 aa  227  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.24 
 
 
325 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  45.42 
 
 
320 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.57 
 
 
312 aa  227  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.36 
 
 
324 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 
324 aa  227  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
328 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 
306 aa  226  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.38 
 
 
331 aa  226  4e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.76 
 
 
304 aa  226  4e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>