More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1781 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1947  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.86 
 
 
896 aa  1169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0118101  hitchhiker  0.00213654 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2155  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.58 
 
 
898 aa  1168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.785927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0319  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.46 
 
 
887 aa  1075  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.760617  normal  0.161843 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4864  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.74 
 
 
881 aa  1129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195364  normal  0.376386 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0124  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.594782  normal  0.632458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3545  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00819488  normal  0.0396414 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3491  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.62 
 
 
887 aa  1105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0642497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0367  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.29 
 
 
881 aa  1123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.867491  normal  0.136569 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1034  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.51 
 
 
887 aa  1106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0569  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.52 
 
 
884 aa  978  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00695914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1133  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.25 
 
 
898 aa  1156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12031  normal  0.545641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3980  pyruvate dehydrogenase subunit E1  83.22 
 
 
905 aa  1608  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0325061  decreased coverage  0.00734706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2498  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.11 
 
 
902 aa  921  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.710638  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4054  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.01 
 
 
888 aa  1157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0880174  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1239  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.92 
 
 
884 aa  1222  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5261  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  53.56 
 
 
897 aa  950  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.251337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3972  pyruvate dehydrogenase subunit E1  56.55 
 
 
917 aa  1030  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2591  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.04 
 
 
898 aa  1146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.524735  hitchhiker  0.000249788 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0107  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.03 
 
 
887 aa  1090  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00148549  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7491  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.68 
 
 
904 aa  1006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430951  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1848  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.58 
 
 
911 aa  991  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  2.79834e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1470  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.5 
 
 
899 aa  1137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0371975  normal  0.967934 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1590  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.17 
 
 
896 aa  1133  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.944097  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3310  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.69 
 
 
911 aa  1016  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.641132  normal  0.0449553 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2047  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.91 
 
 
898 aa  1157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.709633  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1088  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.43 
 
 
898 aa  1135  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.43212e-06  normal  0.805293 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1646  pyruvate dehydrogenase subunit E1  86.51 
 
 
903 aa  1635  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.272523 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1647  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.17 
 
 
896 aa  1131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6301  pyruvate dehydrogenase subunit E1  63.59 
 
 
889 aa  1216  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.931564  normal  0.0458346 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3613  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.84 
 
 
912 aa  949  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000348525 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1968  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.1 
 
 
885 aa  1108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0676932 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2307  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.88 
 
 
888 aa  1080  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12270  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.47 
 
 
901 aa  926  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.671e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1404  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.13 
 
 
941 aa  1043  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00988422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0364  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.29 
 
 
881 aa  1124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1990  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.4 
 
 
886 aa  1094  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0576  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.63 
 
 
881 aa  1134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.27136  hitchhiker  0.00128721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3417  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.79 
 
 
888 aa  1156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0660  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.83 
 
 
887 aa  1087  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0624957  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.95 
 
 
912 aa  948  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1551  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  50.74 
 
 
879 aa  879  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00110575  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0734  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.98 
 
 
898 aa  1141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00461526  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.58 
 
 
929 aa  938  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3431  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.45 
 
 
888 aa  1149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.771222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5751  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.92 
 
 
896 aa  1163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3340  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.12 
 
 
918 aa  902  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.163158 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7017  pyruvate dehydrogenase subunit E1  50.43 
 
 
937 aa  921  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1860  pyruvate dehydrogenase subunit E1  50.43 
 
 
944 aa  922  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00231048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0419  pyruvate dehydrogenase subunit E1  56.92 
 
 
886 aa  1050  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4011  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.28 
 
 
887 aa  1095  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00196742  normal  0.272342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0431  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.6 
 
 
888 aa  1135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.378227  hitchhiker  0.00196487 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0116  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0118  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.058668  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03464  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.43 
 
 
887 aa  1085  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1614  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.52 
 
 
884 aa  977  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.506226  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3363  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.62 
 
 
887 aa  1107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.273789  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4128  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.95 
 
 
888 aa  1143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000399594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5613  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  55.11 
 
 
891 aa  977  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.076798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3934  pyruvate dehydrogenase subunit E1  61.01 
 
 
888 aa  1157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1502  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.13 
 
 
891 aa  1155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0833868  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3112  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  49.61 
 
 
908 aa  881  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00950935 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1552  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  55.93 
 
 
889 aa  1040  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.17586  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3754  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.06 
 
 
887 aa  1086  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.1149  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2054  pyruvate dehydrogenase subunit E1  48.9 
 
 
921 aa  893  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.419391  normal  0.0127021 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1512  pyruvate dehydrogenase subunit E1  48.57 
 
 
915 aa  892  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.952549  normal  0.0499548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16730  pyruvate dehydrogenase subunit E1  49.66 
 
 
914 aa  887  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.563052  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08230  pyruvate dehydrogenase subunit E1  47.2 
 
 
933 aa  844  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.841555  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12060  pyruvate dehydrogenase subunit E1  49.33 
 
 
915 aa  875  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00682926  normal  0.280194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10310  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.5 
 
 
938 aa  938  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0229969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1557  pyruvate dehydrogenase subunit E1  51.23 
 
 
924 aa  916  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.20523  normal  0.0111422 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0713  pyruvate dehydrogenase subunit E1  48.13 
 
 
912 aa  853  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.8227  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1333  pyruvate dehydrogenase subunit E1  52.3 
 
 
919 aa  935  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.113612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3568  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.73 
 
 
887 aa  1105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0634  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
887 aa  1088  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.674616  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3119  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  50.6 
 
 
943 aa  890  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.304554  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002550  pyruvate dehydrogenase E1 component  58.55 
 
 
887 aa  1099  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.14515  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2360  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  50.73 
 
 
917 aa  908  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.228898  normal  0.0253059 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2722  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  51.79 
 
 
937 aa  915  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.165625  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2147  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  48.66 
 
 
915 aa  874  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3532  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  51.39 
 
 
917 aa  958  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4794  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  52.21 
 
 
919 aa  930  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0476  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit  50.51 
 
 
907 aa  904  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0351  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  62.5 
 
 
887 aa  1173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.82426  normal  0.301685 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3504  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  53.15 
 
 
937 aa  959  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2967  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  61.93 
 
 
894 aa  1145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.547445  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7043  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)  49.89 
 
 
915 aa  889  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238965  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2132  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  48.55 
 
 
920 aa  858  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.70432  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14140  pyruvate dehydrogenase E1 component, homodimeric type  49.38 
 
 
918 aa  888  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.796363  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1644  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  49.83 
 
 
921 aa  909  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0195955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00112  hypothetical protein  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.27087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0674  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.72 
 
 
887 aa  1083  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290215  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3856  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.9 
 
 
888 aa  1155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  9.07125e-07 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3195  pyruvate dehydrogenase subunit E1  60.29 
 
 
893 aa  1141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0121  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.15 
 
 
887 aa  1092  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00100093  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2625  pyruvate dehydrogenase subunit E1  57.43 
 
 
887 aa  1079  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.577913  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0165  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
887 aa  1092  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0408013  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0174  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
887 aa  1090  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00482235  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1745  pyruvate dehydrogenase subunit E1  62.12 
 
 
885 aa  1172  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03225  pyruvate dehydrogenase subunit E1  59.08 
 
 
891 aa  1117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0171  pyruvate dehydrogenase subunit E1  58.94 
 
 
887 aa  1090  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>