More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1613 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
333 aa  678    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  86.03 
 
 
337 aa  558  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  72.73 
 
 
311 aa  464  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  67.08 
 
 
324 aa  420  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  65.62 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  64.26 
 
 
323 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  60.13 
 
 
334 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  60.51 
 
 
335 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  57.42 
 
 
299 aa  359  3e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  58.62 
 
 
323 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  53.5 
 
 
299 aa  342  7e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  54.22 
 
 
300 aa  311  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  51.49 
 
 
301 aa  308  9e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  54.1 
 
 
299 aa  293  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  49.51 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  48.71 
 
 
298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  47.27 
 
 
311 aa  281  1e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  55.99 
 
 
305 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  44 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  41.99 
 
 
299 aa  249  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  43.75 
 
 
298 aa  248  9e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  42.68 
 
 
350 aa  243  5e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 
306 aa  237  3e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  45.86 
 
 
299 aa  236  6e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  40.53 
 
 
302 aa  235  9e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  41.56 
 
 
305 aa  235  9e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  41.03 
 
 
304 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  40.89 
 
 
299 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  40.26 
 
 
305 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  40.26 
 
 
305 aa  229  7e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 
305 aa  229  7e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  41.99 
 
 
304 aa  228  8e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  40.33 
 
 
303 aa  224  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  41.91 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  38.19 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  45.77 
 
 
294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  48.32 
 
 
305 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  40.89 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  45.77 
 
 
306 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  38.26 
 
 
300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.3 
 
 
305 aa  210  3e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  37.31 
 
 
357 aa  209  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  39.46 
 
 
306 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  37.22 
 
 
300 aa  209  6e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  43.52 
 
 
298 aa  208  9e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 
306 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  42.47 
 
 
304 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  40.47 
 
 
294 aa  203  3e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  44.52 
 
 
308 aa  202  6e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.07 
 
 
316 aa  202  9e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  43.52 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  44.52 
 
 
297 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  39.58 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  39.38 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  40.75 
 
 
304 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  40.41 
 
 
304 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  40.91 
 
 
296 aa  194  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 
317 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  44.02 
 
 
224 aa  193  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  39.93 
 
 
305 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  36.01 
 
 
304 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.3 
 
 
307 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  37.11 
 
 
307 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  39.35 
 
 
315 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  41.32 
 
 
316 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  37.11 
 
 
300 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  36.43 
 
 
300 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.93 
 
 
306 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  37.24 
 
 
302 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  38.16 
 
 
300 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  36.9 
 
 
302 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  36.24 
 
 
307 aa  185  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  35.56 
 
 
304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  36.9 
 
 
302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  36.9 
 
 
302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.46 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  35.37 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  38.33 
 
 
323 aa  181  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  36.24 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  35.96 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  32.36 
 
 
308 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  38.46 
 
 
324 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  33.46 
 
 
394 aa  109  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  33.21 
 
 
370 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  35.04 
 
 
396 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  33.83 
 
 
387 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  33.11 
 
 
426 aa  106  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  47.17 
 
 
133 aa  105  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  33.95 
 
 
403 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  34.29 
 
 
417 aa  104  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  33.33 
 
 
394 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  33.82 
 
 
407 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  29.89 
 
 
344 aa  100  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0507  histone deacetylase superfamily  33.21 
 
 
395 aa  100  4e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0375455 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  29.26 
 
 
393 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3389  histone deacetylase superfamily protein  36.78 
 
 
594 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 
392 aa  97.4  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  31.68 
 
 
392 aa  96.7  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0801  deacetylase / acetylpolyamine aminohydrolase  32.69 
 
 
379 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3454  histone deacetylase superfamily protein  35.77 
 
 
589 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.524181  normal  0.0722274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>