More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1604 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.83 
 
 		 666 aa  756    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 736 aa  1489    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.08 
 
 		 755 aa  852    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  65.16 
 
 		 678 aa  792    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  82.34 
 
 		 797 aa  1098    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  74.86 
 
 		 746 aa  1013    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.95 
 
 		 680 aa  815    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.95 
 
 		 680 aa  815    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  80.05 
 
 		 801 aa  1105    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.11 
 
 		 657 aa  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  52.52 
 
 		 624 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.2 
 
 		 783 aa  832    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  54.05 
 
 		 653 aa  682    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  60.33 
 
 		 656 aa  721    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.03 
 
 		 800 aa  819    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.56 
 
 		 685 aa  807    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.97 
 
 		 619 aa  635    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  53.33 
 
 		 677 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.26 
 
 		 808 aa  819    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  52.67 
 
 		 664 aa  663    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.23 
 
 		 665 aa  668    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.95 
 
 		 680 aa  815    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.17 
 
 		 681 aa  808    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.81 
 
 		 707 aa  788    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 		 683 aa  825    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.03 
 
 		 736 aa  819    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.17 
 
 		 800 aa  820    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.29 
 
 		 829 aa  852    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  76.51 
 
 		 754 aa  1000    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  78.72 
 
 		 783 aa  1132    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  62.14 
 
 		 644 aa  753    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  88.72 
 
 		 784 aa  1234    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  55.56 
 
 		 647 aa  684    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  54.75 
 
 		 665 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.01 
 
 		 680 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  86.98 
 
 		 808 aa  1093    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.29 
 
 		 855 aa  846    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.86 
 
 		 804 aa  828    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.35 
 
 		 900 aa  785    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.86 
 
 		 805 aa  824    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.58 
 
 		 805 aa  827    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.03 
 
 		 736 aa  819    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  83.43 
 
 		 781 aa  1117    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.86 
 
 		 805 aa  828    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  85.8 
 
 		 754 aa  1136    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.29 
 
 		 821 aa  853    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.14 
 
 		 635 aa  1074    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.03 
 
 		 736 aa  818    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.58 
 
 		 805 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.69 
 
 		 629 aa  633  1e-180  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.37 
 
 		 624 aa  632  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.88 
 
 		 631 aa  633  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.24 
 
 		 598 aa  631  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  55.07 
 
 		 599 aa  623  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.37 
 
 		 618 aa  621  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.43 
 
 		 615 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.43 
 
 		 615 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  53.69 
 
 		 602 aa  619  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.43 
 
 		 615 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.43 
 
 		 615 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.43 
 
 		 615 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.61 
 
 		 611 aa  619  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.96 
 
 		 631 aa  619  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.96 
 
 		 611 aa  617  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.02 
 
 		 612 aa  618  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.1 
 
 		 612 aa  617  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.56 
 
 		 612 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.91 
 
 		 612 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.91 
 
 		 612 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.25 
 
 		 610 aa  614  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.29 
 
 		 647 aa  613  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.74 
 
 		 602 aa  610  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.52 
 
 		 614 aa  608  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  53.72 
 
 		 616 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.32 
 
 		 616 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  53.44 
 
 		 617 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.08 
 
 		 619 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.76 
 
 		 619 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.67 
 
 		 615 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  53.92 
 
 		 616 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  52.16 
 
 		 616 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.82 
 
 		 620 aa  605  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  53.61 
 
 		 611 aa  605  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.86 
 
 		 616 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.85 
 
 		 613 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.08 
 
 		 619 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.68 
 
 		 613 aa  600  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.37 
 
 		 627 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.2 
 
 		 611 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.61 
 
 		 623 aa  599  1e-170  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.63 
 
 		 595 aa  600  1e-170  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.37 
 
 		 627 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.62 
 
 		 621 aa  601  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>