More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1570 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  74.96 
 
 
572 aa  860    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  60.73 
 
 
547 aa  677    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  100 
 
 
569 aa  1167    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  55.77 
 
 
593 aa  603  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50.09 
 
 
545 aa  528  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  50.09 
 
 
545 aa  528  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  45.66 
 
 
600 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  46.98 
 
 
608 aa  452  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  44.74 
 
 
580 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  45.72 
 
 
580 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.72 
 
 
599 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  44.13 
 
 
583 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  43.07 
 
 
627 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.28 
 
 
584 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.23 
 
 
576 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  43.16 
 
 
582 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  44.1 
 
 
597 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.76 
 
 
581 aa  402  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  41.27 
 
 
511 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  45.29 
 
 
581 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  45.29 
 
 
581 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  40.97 
 
 
549 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  42.12 
 
 
525 aa  368  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.07 
 
 
522 aa  363  7.0000000000000005e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  44.69 
 
 
582 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.61 
 
 
532 aa  361  2e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.89 
 
 
529 aa  356  6.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.7 
 
 
535 aa  353  2.9999999999999997e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.93 
 
 
515 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.03 
 
 
360 aa  353  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.6 
 
 
579 aa  350  4e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  39.72 
 
 
541 aa  349  6e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.79 
 
 
524 aa  348  2e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 
361 aa  346  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.83 
 
 
543 aa  345  1e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  34.89 
 
 
545 aa  345  2e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.77 
 
 
522 aa  343  7e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  41.24 
 
 
507 aa  343  7e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  39.1 
 
 
549 aa  341  2e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.61 
 
 
544 aa  341  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  42.99 
 
 
537 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  40.79 
 
 
485 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.36 
 
 
534 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
538 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  43.76 
 
 
522 aa  337  3.9999999999999995e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.09 
 
 
542 aa  335  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.71 
 
 
544 aa  334  2e-90  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  38.63 
 
 
537 aa  334  3e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.12 
 
 
533 aa  334  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.89 
 
 
539 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  42.17 
 
 
533 aa  327  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.27 
 
 
546 aa  327  5e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  37.41 
 
 
550 aa  324  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  42.47 
 
 
510 aa  319  7e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  40.67 
 
 
566 aa  319  7.999999999999999e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  42.66 
 
 
531 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.24 
 
 
561 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.04 
 
 
502 aa  312  1e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.27 
 
 
535 aa  309  8e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.04 
 
 
517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  40.14 
 
 
508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.16 
 
 
517 aa  307  3e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  33.5 
 
 
576 aa  307  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.31 
 
 
508 aa  307  4.0000000000000004e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.24 
 
 
529 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.68 
 
 
539 aa  305  2.0000000000000002e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  35.99 
 
 
547 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.83 
 
 
527 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
458 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.22 
 
 
502 aa  299  8e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  40.65 
 
 
493 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
459 aa  298  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42 
 
 
458 aa  297  4e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 
457 aa  292  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  33.16 
 
 
564 aa  292  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.57 
 
 
459 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  53.76 
 
 
461 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  53.76 
 
 
461 aa  291  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.76 
 
 
461 aa  291  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  53.76 
 
 
461 aa  291  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.78 
 
 
480 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  53.76 
 
 
461 aa  291  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  53.76 
 
 
461 aa  291  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.05 
 
 
515 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.5 
 
 
453 aa  290  6e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.54 
 
 
451 aa  289  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.22 
 
 
515 aa  288  2e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.59 
 
 
481 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  42.66 
 
 
733 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.38 
 
 
485 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.82 
 
 
459 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50.92 
 
 
473 aa  287  4e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
459 aa  287  4e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.38 
 
 
483 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.72 
 
 
469 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.72 
 
 
469 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.86 
 
 
467 aa  286  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.98 
 
 
483 aa  286  8e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.05 
 
 
495 aa  286  8e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.51 
 
 
1082 aa  286  8e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>