55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1391 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  100 
 
 		 127 aa  258  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  62.93 
 
 		 125 aa  154  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  64.35 
 
 		 121 aa  153  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  61.86 
 
 		 123 aa  149  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  60.17 
 
 		 123 aa  144  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  59.48 
 
 		 119 aa  139  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  61.54 
 
 		 127 aa  138  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  59.83 
 
 		 126 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  55.08 
 
 		 128 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  58.62 
 
 		 126 aa  130  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  54.78 
 
 		 118 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  55.17 
 
 		 126 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  54.31 
 
 		 125 aa  122  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  51.69 
 
 		 126 aa  117  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.91 
 
 		 124 aa  116  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  50.86 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  51.24 
 
 		 125 aa  114  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  54.24 
 
 		 119 aa  113  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  46.96 
 
 		 120 aa  105  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.61 
 
 		 401 aa  103  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 118 aa  99.4  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  45.22 
 
 		 117 aa  98.2  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  50.43 
 
 		 127 aa  97.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  45.22 
 
 		 124 aa  97.1  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  43.97 
 
 		 126 aa  96.3  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  39.66 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  39.13 
 
 		 140 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  37.93 
 
 		 152 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  37.17 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.04 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 409 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  36.75 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  42.02 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.35 
 
 		 334 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 179 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 157 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  31.03 
 
 		 133 aa  50.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  46.94 
 
 		 56 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  30.83 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  30.83 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 148 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  26.5 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  26.26 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  30.17 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  29.31 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  36 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  30.77 
 
 		 135 aa  40  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>