More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0756 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  58.21 
 
 		 781 aa  754    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  57.71 
 
 		 736 aa  692    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  56.88 
 
 		 774 aa  699    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  58.34 
 
 		 781 aa  756    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  62.26 
 
 		 702 aa  832    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  57.55 
 
 		 740 aa  768    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  65.25 
 
 		 747 aa  852    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  55.8 
 
 		 753 aa  701    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 738 aa  1461    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  53.45 
 
 		 787 aa  705    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  46.77 
 
 		 805 aa  587  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  47.8 
 
 		 783 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  45.21 
 
 		 807 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  44.96 
 
 		 803 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  45.89 
 
 		 804 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  43.48 
 
 		 783 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  44.51 
 
 		 728 aa  521  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  45.55 
 
 		 793 aa  522  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  42.24 
 
 		 803 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  43.24 
 
 		 803 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  45.52 
 
 		 717 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  44.75 
 
 		 789 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  43.76 
 
 		 744 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  44.81 
 
 		 757 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  40.65 
 
 		 777 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  43.66 
 
 		 771 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 750 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  42.46 
 
 		 814 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  44.44 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  43.16 
 
 		 791 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  61.54 
 
 		 810 aa  419  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  34.53 
 
 		 655 aa  360  6e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  35.71 
 
 		 750 aa  347  6e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.56 
 
 		 650 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  34.34 
 
 		 673 aa  333  6e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 		 670 aa  333  7.000000000000001e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  36.76 
 
 		 725 aa  327  6e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  34.5 
 
 		 748 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.56 
 
 		 703 aa  318  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.43 
 
 		 649 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  32.68 
 
 		 666 aa  310  6.999999999999999e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  32.6 
 
 		 758 aa  308  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.59 
 
 		 658 aa  308  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.28 
 
 		 776 aa  308  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.12 
 
 		 658 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  33.59 
 
 		 641 aa  303  9e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 650 aa  299  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  33.42 
 
 		 645 aa  296  9e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.04 
 
 		 635 aa  296  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  47.99 
 
 		 775 aa  294  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  32.56 
 
 		 681 aa  294  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  41.12 
 
 		 781 aa  293  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  42.16 
 
 		 774 aa  292  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  42.16 
 
 		 774 aa  292  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  33.62 
 
 		 634 aa  292  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  32.48 
 
 		 689 aa  291  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  41.12 
 
 		 780 aa  289  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  35.8 
 
 		 636 aa  289  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  34.59 
 
 		 650 aa  287  5e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  31.75 
 
 		 697 aa  287  5e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  31.84 
 
 		 686 aa  286  8e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  31.84 
 
 		 686 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  34.44 
 
 		 654 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  31.84 
 
 		 686 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  31.84 
 
 		 686 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 682 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  34.64 
 
 		 632 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  33.98 
 
 		 654 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  31.69 
 
 		 686 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.71 
 
 		 799 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  32.27 
 
 		 662 aa  282  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  32.26 
 
 		 630 aa  278  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  32.67 
 
 		 748 aa  273  6e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.87 
 
 		 705 aa  273  7e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  30.79 
 
 		 724 aa  273  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  31.67 
 
 		 714 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.94 
 
 		 703 aa  270  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 703 aa  268  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.79 
 
 		 707 aa  266  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 700 aa  265  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 700 aa  265  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  31.81 
 
 		 710 aa  264  6e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 		 702 aa  263  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  30.41 
 
 		 704 aa  263  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 648 aa  263  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.21 
 
 		 672 aa  260  8e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  29.91 
 
 		 658 aa  259  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  29.68 
 
 		 704 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 710 aa  259  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  28.61 
 
 		 791 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  30.79 
 
 		 655 aa  259  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 675 aa  258  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 		 892 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  29.49 
 
 		 705 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  29.53 
 
 		 706 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  29.71 
 
 		 705 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>