More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0657 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0834  chaperonin GroEL  64.89 
 
 
547 aa  688  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  3.96118e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6096  chaperonin GroEL  76.27 
 
 
540 aa  819  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3451  chaperonin GroEL  78.18 
 
 
546 aa  824  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201632  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0750  chaperonin GroEL  84.31 
 
 
546 aa  865  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20211  normal  0.100291 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1518  chaperonin GroEL  78.45 
 
 
547 aa  832  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  1.06639e-06  normal  0.660636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0483  chaperonin GroEL  94.14 
 
 
549 aa  988  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3997  chaperonin GroEL  78.94 
 
 
546 aa  831  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.113268 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1693  chaperonin GroEL  72.45 
 
 
547 aa  763  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.274413  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6727  chaperonin GroEL  74.03 
 
 
540 aa  796  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5580  chaperonin GroEL  67.61 
 
 
546 aa  713  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5463  chaperonin GroEL  69.3 
 
 
551 aa  717  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.240811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1771  chaperonin GroEL  69.26 
 
 
545 aa  726  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.190882  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0831  chaperonin GroEL  83.93 
 
 
546 aa  860  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00374886  decreased coverage  3.89435e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4308  chaperonin GroEL  73.63 
 
 
550 aa  773  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0534  chaperonin GroEL  67.98 
 
 
546 aa  712  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.282676  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0968  chaperonin GroEL  74.01 
 
 
546 aa  768  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.140155 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4612  chaperonin GroEL  76.18 
 
 
548 aa  799  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.562715 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2054  chaperonin GroEL  67.11 
 
 
544 aa  704  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.803186 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1623  chaperonin GroEL  72.64 
 
 
547 aa  766  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.757187  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1738  chaperonin GroEL  65.91 
 
 
548 aa  696  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.280539  decreased coverage  0.00152275 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0680  chaperonin GroEL  65.34 
 
 
549 aa  692  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.156157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2457  chaperonin GroEL  66.6 
 
 
545 aa  674  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1331  chaperonin GroEL  67.67 
 
 
547 aa  711  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0783  chaperonin GroEL  64.69 
 
 
550 aa  682  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  3.75112e-05  normal  0.275175 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0308  chaperonin GroEL  63.65 
 
 
544 aa  687  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.541583 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2929  chaperonin GroEL  68.24 
 
 
548 aa  725  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00334026  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0498  chaperonin GroEL  64.89 
 
 
547 aa  685  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  6.58221e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0586  chaperonin GroEL  64.12 
 
 
544 aa  674  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.82546  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5325  chaperonin GroEL  67.8 
 
 
546 aa  711  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.589591  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03703  chaperonin GroEL  76.65 
 
 
546 aa  812  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3427  chaperonin GroEL  76.46 
 
 
540 aa  813  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0579  chaperonin GroEL  85.71 
 
 
547 aa  895  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158784  normal  0.586113 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0864  chaperonin GroEL  84.09 
 
 
546 aa  867  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  1.44467e-05  normal  0.0762282 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4672  chaperonin GroEL  76.18 
 
 
548 aa  799  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1408  chaperonin GroEL  61.5 
 
 
550 aa  670  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.870477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2333  chaperonin GroEL  84.5 
 
 
546 aa  872  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0883149  normal  0.0155748 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3869  chaperonin GroEL  76.18 
 
 
548 aa  799  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.749849 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3822  chaperonin GroEL  75 
 
 
548 aa  789  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4150  chaperonin GroEL  66.79 
 
 
548 aa  700  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00153421  normal  0.471865 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00142  chaperonin GroEL  74.81 
 
 
548 aa  780  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0287  chaperonin GroEL  72.49 
 
 
552 aa  748  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  3.93634e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4264  chaperonin GroEL  65.8 
 
 
543 aa  681  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.154167  normal  0.0469061 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1166  chaperonin GroEL  66.6 
 
 
548 aa  690  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.89242  normal  0.956764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0610  chaperonin GroEL  65.65 
 
 
550 aa  662  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.271913 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0308  chaperonin GroEL  64.23 
 
 
544 aa  683  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0755477  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0568  chaperonin GroEL  63.77 
 
 
543 aa  658  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  4.40547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3675  chaperonin GroEL  75 
 
 
548 aa  789  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0509  chaperonin GroEL  64.6 
 
 
545 aa  673  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  3.31966e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3715  chaperonin GroEL  68.8 
 
 
547 aa  721  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.36504 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1472  chaperonin GroEL  67.29 
 
 
547 aa  708  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166914  normal  0.319334 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3026  chaperonin GroEL  68.05 
 
 
546 aa  684  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0645  chaperonin GroEL  74.95 
 
 
545 aa  777  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4956  chaperonin GroEL  74.76 
 
 
547 aa  777  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34034  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2037  chaperonin GroEL  71.46 
 
 
547 aa  753  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161306  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1281  chaperonin GroEL  65.19 
 
 
542 aa  699  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.127549  normal  0.499917 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4384  chaperonin GroEL  76.18 
 
 
548 aa  799  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4698  chaperonin GroEL  76.18 
 
 
548 aa  799  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0667  chaperonin GroEL  64.47 
 
 
544 aa  683  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4488  chaperonin GroEL  73.45 
 
 
547 aa  764  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0309413  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0246  chaperonin GroEL  62 
 
 
544 aa  646  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00656805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4782  chaperonin GroEL  67.17 
 
 
546 aa  700  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0380913  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3334  chaperonin GroEL  64.8 
 
 
540 aa  694  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0741  chaperonin GroEL  67.98 
 
 
548 aa  716  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0722  chaperonin GroEL  75 
 
 
548 aa  789  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1908  chaperonin GroEL  72.3 
 
 
552 aa  747  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5253  chaperonin GroEL  76.36 
 
 
540 aa  799  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2528  chaperonin GroEL  83.74 
 
 
546 aa  860  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0382557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5661  chaperonin GroEL  89.73 
 
 
547 aa  936  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00217744  hitchhiker  0.00916783 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0672  chaperonin GroEL  74.15 
 
 
545 aa  780  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.342716  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2919  chaperonin GroEL  65.98 
 
 
547 aa  687  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0550  chaperonin GroEL  67.61 
 
 
550 aa  684  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.28824e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3689  chaperonin GroEL  74.1 
 
 
547 aa  780  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0409  chaperonin GroEL  76.23 
 
 
548 aa  801  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00098113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0642  chaperonin GroEL  73.87 
 
 
549 aa  776  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0804  chaperonin GroEL  63.89 
 
 
542 aa  676  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451933  normal  0.636529 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00670  chaperonin GroEL  65.53 
 
 
544 aa  682  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6245  chaperonin GroEL  63.15 
 
 
544 aa  672  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0243  chaperonin GroEL  64.45 
 
 
547 aa  671  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.649661  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2734  chaperonin GroEL  63.89 
 
 
543 aa  684  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.657251 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0233  chaperonin GroEL  68.37 
 
 
547 aa  716  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0509  chaperonin GroEL  75.09 
 
 
548 aa  791  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622301  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3529  chaperonin GroEL  76.04 
 
 
548 aa  798  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.249463  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03975  hypothetical protein  76.18 
 
 
548 aa  799  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3403  chaperonin GroEL  75.85 
 
 
548 aa  797  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3081  chaperonin GroEL  76.46 
 
 
540 aa  812  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0535  chaperonin GroEL  85.9 
 
 
547 aa  897  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.793994  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5849  chaperonin GroEL  66.73 
 
 
542 aa  696  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471391  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1044  chaperonin GroEL  64.25 
 
 
544 aa  691  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0515  chaperonin GroEL  67.36 
 
 
547 aa  707  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.128762 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5038  chaperonin GroEL  65.22 
 
 
542 aa  691  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.473372  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0231  chaperonin GroEL  62.13 
 
 
539 aa  657  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00131384  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1118  chaperonin GroEL  93.4 
 
 
550 aa  972  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0317  chaperonin GroEL  66.29 
 
 
544 aa  693  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000185818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2624  chaperonin GroEL  66.67 
 
 
545 aa  706  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0380  chaperonin GroEL  61.36 
 
 
538 aa  650  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  7.3104e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0204  chaperonin GroEL  61.19 
 
 
543 aa  649  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2524  chaperonin GroEL  60.04 
 
 
539 aa  648  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1089  chaperonin GroEL  61.62 
 
 
545 aa  656  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  3.83154e-07  normal  0.0318123 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0292  chaperonin GroEL  76.43 
 
 
552 aa  802  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0385271  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0984  chaperonin GroEL  63.45 
 
 
545 aa  663  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.488332  normal  0.74927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>