211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0152 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  81.16 
 
 
441 aa  644    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  84.09 
 
 
466 aa  732    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  100 
 
 
466 aa  920    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  74.88 
 
 
478 aa  634  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  76.4 
 
 
449 aa  609  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  75.35 
 
 
447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  76.66 
 
 
444 aa  584  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  74.41 
 
 
462 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  73.88 
 
 
429 aa  577  1.0000000000000001e-163  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  70 
 
 
415 aa  558  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  69.98 
 
 
417 aa  545  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  60.65 
 
 
462 aa  503  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  60.46 
 
 
461 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  59.68 
 
 
465 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  59.45 
 
 
463 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  59.45 
 
 
463 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  58.68 
 
 
465 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  58.73 
 
 
471 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  61.73 
 
 
461 aa  486  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  59.18 
 
 
471 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  58.24 
 
 
471 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  57.73 
 
 
472 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  54.8 
 
 
476 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  57.82 
 
 
471 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  57.82 
 
 
471 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  55.51 
 
 
472 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  56.54 
 
 
478 aa  461  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  55.92 
 
 
466 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  57.79 
 
 
475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  49.12 
 
 
475 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  47.29 
 
 
439 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  47.12 
 
 
478 aa  361  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  45.67 
 
 
465 aa  346  5e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  45.89 
 
 
450 aa  342  7e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  46.28 
 
 
447 aa  342  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  43.33 
 
 
516 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  47.26 
 
 
443 aa  336  7e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  44.57 
 
 
468 aa  327  3e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  44.69 
 
 
457 aa  319  7e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  39.82 
 
 
482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  40.37 
 
 
504 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  40.18 
 
 
482 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  41.53 
 
 
459 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  41.1 
 
 
456 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  42.03 
 
 
461 aa  279  9e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  40.55 
 
 
457 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  39.32 
 
 
454 aa  268  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  40.81 
 
 
443 aa  261  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  40.52 
 
 
431 aa  260  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  39.77 
 
 
455 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  39.68 
 
 
452 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  38.99 
 
 
460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  39.71 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  35.75 
 
 
428 aa  250  4e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  39.11 
 
 
429 aa  239  8e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  36.71 
 
 
412 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  38.86 
 
 
429 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1420  major facilitator superfamily MFS_1  35.58 
 
 
438 aa  237  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.508599 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  38.15 
 
 
388 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  35.95 
 
 
492 aa  236  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  35.95 
 
 
492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  35.95 
 
 
492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  39.11 
 
 
426 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  58.38 
 
 
515 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  56.52 
 
 
515 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  59.38 
 
 
515 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  58.85 
 
 
515 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  36.61 
 
 
492 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  37.3 
 
 
453 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  35.51 
 
 
416 aa  230  5e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  36.27 
 
 
495 aa  229  7e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  33.41 
 
 
451 aa  229  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  36.03 
 
 
495 aa  229  8e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  36.36 
 
 
450 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  58.85 
 
 
519 aa  229  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  39.61 
 
 
463 aa  228  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  32.72 
 
 
450 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4016  major facilitator transporter  36.82 
 
 
444 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  43.17 
 
 
1565 aa  224  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  43.17 
 
 
1565 aa  224  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  57.21 
 
 
550 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  35.15 
 
 
411 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  39 
 
 
409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  38.86 
 
 
419 aa  221  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0944  MSF transporter  32.58 
 
 
447 aa  220  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8458  major facilitator superfamily MFS_1  35.48 
 
 
442 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  33.82 
 
 
491 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  35.66 
 
 
425 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  34.3 
 
 
491 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  33.81 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  34.3 
 
 
491 aa  216  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  56.86 
 
 
516 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  31.58 
 
 
424 aa  216  9.999999999999999e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1889  putative ampG protein  31.08 
 
 
462 aa  212  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>