More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0094 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  76.17 
 
 		 444 aa  711    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 455 aa  934    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  84.04 
 
 		 445 aa  767    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  72.67 
 
 		 448 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  78.15 
 
 		 454 aa  710    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  78.15 
 
 		 446 aa  710    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  63.45 
 
 		 435 aa  567  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  63 
 
 		 444 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  47.35 
 
 		 428 aa  403  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  46.98 
 
 		 433 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  45.84 
 
 		 417 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.95 
 
 		 439 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  46.19 
 
 		 443 aa  388  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.95 
 
 		 418 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0158  D-amino acid dehydrogenase subunit  41.68 
 
 		 443 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000347437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  45.19 
 
 		 436 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  44.97 
 
 		 436 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0168  D-amino-acid dehydrogenase  41.34 
 
 		 439 aa  371  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  41.19 
 
 		 417 aa  339  7e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  43.86 
 
 		 422 aa  332  7.000000000000001e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.07 
 
 		 433 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  40.96 
 
 		 419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  41.04 
 
 		 421 aa  309  8e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.28 
 
 		 417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  39.38 
 
 		 419 aa  306  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.28 
 
 		 421 aa  306  6e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.79 
 
 		 416 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.36 
 
 		 434 aa  305  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.93 
 
 		 418 aa  305  2.0000000000000002e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.04 
 
 		 416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.44 
 
 		 429 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  38.94 
 
 		 421 aa  302  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 432 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.09 
 
 		 432 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.09 
 
 		 432 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.99 
 
 		 429 aa  299  5e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  39.45 
 
 		 421 aa  299  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  37.07 
 
 		 434 aa  298  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.3 
 
 		 416 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.67 
 
 		 434 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.44 
 
 		 432 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 434 aa  297  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 432 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.89 
 
 		 416 aa  298  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.01 
 
 		 434 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.99 
 
 		 429 aa  296  4e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  37.95 
 
 		 439 aa  296  4e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.78 
 
 		 432 aa  296  6e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.71 
 
 		 416 aa  296  7e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.43 
 
 		 416 aa  296  7e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.61 
 
 		 418 aa  295  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.84 
 
 		 434 aa  295  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.41 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.73 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.84 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.84 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.66 
 
 		 416 aa  295  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.37 
 
 		 416 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.05 
 
 		 436 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 417 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.59 
 
 		 419 aa  293  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  35.19 
 
 		 417 aa  293  6e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.03 
 
 		 432 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.03 
 
 		 432 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.03 
 
 		 432 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.84 
 
 		 434 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.03 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.84 
 
 		 434 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.61 
 
 		 433 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.03 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.5 
 
 		 433 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.84 
 
 		 434 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.58 
 
 		 436 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  34.34 
 
 		 418 aa  290  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.98 
 
 		 441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.61 
 
 		 417 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.7 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.27 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.11 
 
 		 432 aa  287  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  36.67 
 
 		 433 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  36.53 
 
 		 419 aa  286  5.999999999999999e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.39 
 
 		 428 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.88 
 
 		 421 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.75 
 
 		 416 aa  283  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.53 
 
 		 428 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.53 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.53 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.03 
 
 		 418 aa  280  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.22 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>