294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0069 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  97.56 
 
 		 82 bp  147  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 87 bp  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 87 bp  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 82 bp  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>