More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0061 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00016  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000202389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0045  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5659  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000220141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5674  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000774972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5687  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000478099  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5732  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000412764  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-5  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000098013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000153225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00757095  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-5  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000716932  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-7  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000452768  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000226351  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000779763  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-5  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000106447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0097  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000152963  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0080  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000518886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0037  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000578787  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0018  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.010388  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0036  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0018  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0022012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0143  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000199332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0139  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0093  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000186576  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0045  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>