296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0058 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 93 bp  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  96.59 
 
 		 88 bp  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 91 bp  143  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 91 bp  143  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 91 bp  143  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  123  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0008  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27540  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00531398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 89 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>