261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4611 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4611  ATP synthase F0, B subunit  100 
 
 
156 aa  308  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52200  F0 sector of membrane-bound ATP synthase, subunit B  75 
 
 
152 aa  236  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3288  F0F1 ATP synthase subunit B  64.74 
 
 
156 aa  212  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  65.38 
 
 
156 aa  203  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  64.74 
 
 
156 aa  201  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4466  ATP synthase F0, B subunit  60.26 
 
 
156 aa  194  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198914  hitchhiker  0.0000000113501 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3879  ATP synthase F0, B subunit  61.54 
 
 
156 aa  192  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000993244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5299  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329705  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5204  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.228088  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5435  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5417  F0F1 ATP synthase subunit B  62.18 
 
 
156 aa  190  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.496413  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  58.97 
 
 
156 aa  186  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5125  F0F1 ATP synthase subunit B  60.26 
 
 
156 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0727464  normal  0.577364 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5734  F0F1 ATP synthase subunit B  60.26 
 
 
156 aa  185  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0047382  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  58.97 
 
 
156 aa  185  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5603  ATP synthase F0, B subunit  58.33 
 
 
156 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2591  ATP synthase F0, B subunit  55.77 
 
 
156 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165312  normal  0.0791897 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  181  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0008  ATP synthase F0, B subunit  54.49 
 
 
157 aa  178  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.320711  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3309  F0F1 ATP synthase subunit B  56.41 
 
 
156 aa  178  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.384998  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  56.41 
 
 
156 aa  178  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  57.05 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3734  ATP synthase F0, B subunit  53.21 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.23986  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4244  F0F1 ATP synthase subunit B  56.41 
 
 
156 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00033508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  56.41 
 
 
156 aa  175  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2748  F0F1 ATP synthase subunit B  55.13 
 
 
156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000265032  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  171  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0058  ATP synthase F0, B subunit  52.56 
 
 
156 aa  170  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3648  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000138088  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3960  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  169  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.399325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00426  F0F1 ATP synthase subunit B  55.13 
 
 
156 aa  167  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  53.21 
 
 
156 aa  167  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2331  F0F1 ATP synthase subunit B  55.77 
 
 
156 aa  166  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000933375  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2028  F0F1 ATP synthase subunit B  55.77 
 
 
156 aa  165  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000104833  normal  0.0240886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3970  F0F1 ATP synthase subunit B  55.77 
 
 
156 aa  165  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00376909  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3929  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00620185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4021  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165729  normal  0.907421 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4134  F0F1 ATP synthase subunit B  57.69 
 
 
156 aa  165  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000412529  hitchhiker  0.00502547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4110  ATP synthase F0, subunit B  54.49 
 
 
156 aa  164  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000255147  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3063  F0F1 ATP synthase subunit B  50.64 
 
 
156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  51.92 
 
 
156 aa  164  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2329  ATP synthase F0, B subunit  51.92 
 
 
156 aa  164  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000028913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0189  F0F1 ATP synthase subunit B  54.49 
 
 
156 aa  164  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046503 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  163  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4259  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0777142  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4079  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0615149  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4150  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.039629  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4200  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109353  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4094  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000422543  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  50.64 
 
 
156 aa  160  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03620  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00121932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4231  ATP synthase F0, B subunit  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00770304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03564  hypothetical protein  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000629937  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4252  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4104  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000546623  normal  0.0856146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4185  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000709577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5172  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000636069  hitchhiker  0.00809624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4258  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3952  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  159  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000175461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2801  F-type H+-transporting ATP synthase, subunit B  51.28 
 
 
156 aa  158  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0112017  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  158  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0306  F0F1 ATP synthase subunit B  52.56 
 
 
156 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000623248  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4253  F0F1 ATP synthase subunit B  51.92 
 
 
156 aa  152  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0299011  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2434  F0F1 ATP synthase subunit B  49.66 
 
 
146 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0912679  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4190  F0F1 ATP synthase subunit B  51.28 
 
 
156 aa  151  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000644927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  46.15 
 
 
156 aa  148  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0323  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
156 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.601696 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2873  F0F1 ATP synthase subunit B  46.9 
 
 
146 aa  146  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.405678  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3530  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.037276 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0110  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
156 aa  145  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000261662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3515  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  144  5e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  144  5e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0193  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  144  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.882585 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3031  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3898  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  141  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0036  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00144365  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03109  F0F1 ATP synthase subunit B  44.87 
 
 
156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1700  F0F1 ATP synthase subunit B  46.15 
 
 
156 aa  135  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.169268  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0416  F0F1 ATP synthase subunit B  50.64 
 
 
156 aa  135  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.489173  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  45.51 
 
 
156 aa  135  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000584216  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4874  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0476  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219933  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0118  F0F1 ATP synthase subunit B  45.51 
 
 
156 aa  134  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.100936  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3207  ATP synthase F0, B subunit  42.31 
 
 
159 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3078  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  134  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0404416  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2953  F0F1 ATP synthase subunit B  45.51 
 
 
156 aa  134  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.043981  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2811  ATP synthase F0, B subunit  42.31 
 
 
159 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.182804  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  45.51 
 
 
156 aa  134  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0776663  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  44.87 
 
 
156 aa  133  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  44.87 
 
 
156 aa  133  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0183  F0F1 ATP synthase subunit B  44.87 
 
 
156 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3284  F0F1 ATP synthase subunit B  44.87 
 
 
156 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294476  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>