More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4581 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  63.56 
 
 		 690 aa  885    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  60.83 
 
 		 708 aa  871    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  63.03 
 
 		 688 aa  882    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  57.16 
 
 		 702 aa  798    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  63.56 
 
 		 690 aa  886    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 718 aa  1467    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  41.7 
 
 		 715 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 		 681 aa  299  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 726 aa  292  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  32 
 
 		 727 aa  287  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 678 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  31.34 
 
 		 712 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 		 714 aa  271  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 737 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 742 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 734 aa  257  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 736 aa  256  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 681 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 692 aa  241  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 700 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 698 aa  233  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 713 aa  226  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 702 aa  226  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 716 aa  225  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 715 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 717 aa  223  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 706 aa  221  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 733 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 664 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 800 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 720 aa  189  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 740 aa  176  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 739 aa  164  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  26.9 
 
 		 712 aa  146  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.39 
 
 		 701 aa  141  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 776 aa  125  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 675 aa  120  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 715 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 774 aa  114  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.11 
 
 		 726 aa  113  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.47 
 
 		 728 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 680 aa  104  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.64 
 
 		 721 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.64 
 
 		 706 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.64 
 
 		 706 aa  100  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.64 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.64 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 700 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 700 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 778 aa  99.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 746 aa  99  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.36 
 
 		 691 aa  99  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 700 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 787 aa  98.2  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 700 aa  97.8  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 705 aa  96.3  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  24.54 
 
 		 693 aa  95.5  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 723 aa  94.7  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 785 aa  94  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 770 aa  93.6  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 786 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 705 aa  90.9  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.74 
 
 		 700 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.74 
 
 		 700 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 678 aa  90.1  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 688 aa  89.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  24.47 
 
 		 797 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 694 aa  89  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  23.81 
 
 		 730 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 700 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 700 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  23.24 
 
 		 742 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  24.12 
 
 		 730 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  22.12 
 
 		 708 aa  84.7  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 701 aa  84.3  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  23.88 
 
 		 717 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  22.47 
 
 		 728 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 718 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  23.33 
 
 		 762 aa  80.5  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  23.48 
 
 		 728 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 		 696 aa  79.7  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  21.64 
 
 		 708 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 782 aa  77  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.42 
 
 		 704 aa  75.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 791 aa  75.5  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 653 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 665 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  22.39 
 
 		 723 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.32 
 
 		 659 aa  73.9  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 		 755 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  30.18 
 
 		 653 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 706 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 		 652 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 700 aa  71.6  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  22.72 
 
 		 710 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>