191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4560 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 317 aa  636    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  82.65 
 
 		 319 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  82.65 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  79.18 
 
 		 317 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.42 
 
 		 318 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.42 
 
 		 318 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.42 
 
 		 318 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  76.42 
 
 		 318 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.73 
 
 		 318 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  74.38 
 
 		 318 aa  475  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  80.34 
 
 		 318 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  80.34 
 
 		 318 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  80.34 
 
 		 318 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  78.08 
 
 		 316 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  70.35 
 
 		 318 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  69.9 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  69.79 
 
 		 316 aa  425  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  70.23 
 
 		 317 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  68.01 
 
 		 318 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  69.86 
 
 		 317 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  66.21 
 
 		 319 aa  408  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  67.35 
 
 		 320 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  64.69 
 
 		 315 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  64.29 
 
 		 315 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.21 
 
 		 317 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  63.14 
 
 		 315 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.2 
 
 		 317 aa  371  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  42.96 
 
 		 344 aa  229  4e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  39.87 
 
 		 318 aa  229  4e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  42.61 
 
 		 348 aa  225  8e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  41.58 
 
 		 342 aa  209  4e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.24 
 
 		 316 aa  196  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.36 
 
 		 325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.05 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.02 
 
 		 329 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.25 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.46 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  34.93 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.41 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  39.61 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.77 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.64 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  32.39 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  32.7 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.69 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.49 
 
 		 651 aa  172  5e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  34.23 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  35 
 
 		 322 aa  172  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.11 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.48 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.7 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.13 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  36.77 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  33.22 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.65 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.19 
 
 		 329 aa  166  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.63 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.86 
 
 		 323 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.93 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  31.99 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.46 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.79 
 
 		 319 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.99 
 
 		 322 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  35.11 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  33.65 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  34.98 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.79 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  34.22 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  31.19 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.77 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.27 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.62 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.37 
 
 		 327 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.77 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.77 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.5 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  34.6 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  29.83 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.13 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.23 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  29.15 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.15 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.63 
 
 		 356 aa  143  4e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.15 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.1 
 
 		 371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.12 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.63 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.35 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.12 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.22 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.3 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.35 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.01 
 
 		 345 aa  133  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  31.53 
 
 		 351 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.25 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  31.9 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.77 
 
 		 342 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.87 
 
 		 315 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.19 
 
 		 335 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  27.74 
 
 		 326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>