More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4552 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  68.52 
 
 
551 aa  742  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  67.96 
 
 
553 aa  758  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  69.46 
 
 
554 aa  716  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  73.82 
 
 
574 aa  827  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  66.85 
 
 
551 aa  719  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  76.41 
 
 
551 aa  815  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
555 aa  1095  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  67.54 
 
 
541 aa  713  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  69.19 
 
 
549 aa  735  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  71.01 
 
 
554 aa  733  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  69.61 
 
 
582 aa  770  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  68.78 
 
 
548 aa  741  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  68.52 
 
 
551 aa  742  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  53.54 
 
 
534 aa  546  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  52.38 
 
 
535 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  53.11 
 
 
526 aa  538  1e-152  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  51.69 
 
 
554 aa  534  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  52.92 
 
 
529 aa  532  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  53.1 
 
 
526 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  54.25 
 
 
539 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  53.4 
 
 
523 aa  535  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  52.53 
 
 
525 aa  522  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  52.25 
 
 
550 aa  520  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  51.12 
 
 
540 aa  519  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  52.81 
 
 
529 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  51.13 
 
 
526 aa  514  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  52.17 
 
 
535 aa  511  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  52.53 
 
 
525 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  49.35 
 
 
531 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.8 
 
 
606 aa  491  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 
538 aa  485  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  56.2 
 
 
450 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.29409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  50.79 
 
 
545 aa  484  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  44.7 
 
 
534 aa  441  1e-122  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.18 
 
 
583 aa  436  1e-121  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  44.4 
 
 
659 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  44.47 
 
 
667 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.6 
 
 
659 aa  421  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.31 
 
 
657 aa  417  1e-115  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.12 
 
 
637 aa  411  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  42.69 
 
 
551 aa  407  1e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  41.7 
 
 
656 aa  407  1e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  43.71 
 
 
661 aa  406  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  47.39 
 
 
520 aa  405  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.51 
 
 
661 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  45.36 
 
 
668 aa  399  1e-110  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  45.96 
 
 
660 aa  401  1e-110  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  41.64 
 
 
553 aa  396  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  44.79 
 
 
667 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  41.85 
 
 
584 aa  393  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.14 
 
 
550 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  44.79 
 
 
667 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  44.79 
 
 
667 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  45.74 
 
 
664 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  43.57 
 
 
660 aa  390  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  45.76 
 
 
661 aa  392  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  44.97 
 
 
661 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 
658 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  44.79 
 
 
667 aa  391  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.4 
 
 
658 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  44.88 
 
 
658 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  40.43 
 
 
685 aa  385  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  45.61 
 
 
658 aa  385  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  44.4 
 
 
658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 
658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  45.19 
 
 
658 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 
542 aa  382  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.47 
 
 
573 aa  382  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  44.14 
 
 
673 aa  382  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 
490 aa  379  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  40.86 
 
 
682 aa  378  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  39.92 
 
 
530 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.31 
 
 
682 aa  374  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  42.18 
 
 
524 aa  374  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 
698 aa  375  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.53 
 
 
541 aa  375  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  38.43 
 
 
573 aa  370  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  43.56 
 
 
539 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  39.18 
 
 
505 aa  371  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  41.55 
 
 
676 aa  372  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  40.9 
 
 
567 aa  371  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  38.99 
 
 
503 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.32 
 
 
526 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  40.8 
 
 
676 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  40.8 
 
 
676 aa  364  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  40.8 
 
 
716 aa  364  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  40.8 
 
 
716 aa  364  3e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  40.8 
 
 
676 aa  364  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  40.8 
 
 
676 aa  364  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  40.8 
 
 
676 aa  364  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  39.57 
 
 
504 aa  363  4e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  40.58 
 
 
556 aa  363  6e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  41.25 
 
 
505 aa  361  1e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  41.25 
 
 
505 aa  361  1e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  41.25 
 
 
505 aa  362  1e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  41.25 
 
 
505 aa  361  1e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.74 
 
 
646 aa  361  2e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  39.38 
 
 
504 aa  360  3e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83656e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>