More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4546 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  594  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  322  3e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  56.18 
 
 		 283 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  279  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 298 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  35.2 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  32.76 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 327 aa  123  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 308 aa  118  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  31.43 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.29 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 314 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  29.66 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>