More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4536 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_22980  Cobalamin synthesis protein  83.29 
 
 
401 aa  691    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5361  CobW/P47K family protein  79.8 
 
 
402 aa  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5526  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  78.45 
 
 
403 aa  659    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5075  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  78.55 
 
 
402 aa  660    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5655  cobalamin synthesis protein/P47K  80.3 
 
 
401 aa  668    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.108679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5269  cobalamin synthesis protein, P47K  79.3 
 
 
402 aa  665    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5410  cobalamin synthesis protein P47K  80.3 
 
 
401 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0589592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4536  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 
401 aa  820    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5139  cobalamin synthesis protein P47K  79.8 
 
 
402 aa  670    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6337  hypothetical protein  80 
 
 
400 aa  652    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73010  hypothetical protein  79.5 
 
 
400 aa  644    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00487394  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1446  cobalamin synthesis protein P47K  65.66 
 
 
403 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.454825  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1815  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  63.57 
 
 
402 aa  545  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22864  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0192  cobalamin synthesis protein, P47K  64.18 
 
 
410 aa  535  1e-151  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0299  cobalamin synthesis protein, P47K  63.91 
 
 
415 aa  534  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1980  hypothetical protein  60.35 
 
 
402 aa  528  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0097799  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  64.65 
 
 
423 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3034  cobalamin synthesis protein, P47K  64.14 
 
 
423 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0820283  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5332  cobalamin synthesis protein, P47K  64.14 
 
 
423 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4936  cobalamin synthesis protein P47K  63.89 
 
 
402 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.753815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3649  cobalamin synthesis protein P47K  64.74 
 
 
423 aa  521  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493761  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1720  cobalamin synthesis protein P47K  62.6 
 
 
396 aa  519  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00319553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2626  cobalamin synthesis protein P47K  63.01 
 
 
395 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.53013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1098  cobalamin synthesis protein P47K  63.22 
 
 
397 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118986 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1231  cobalamin synthesis protein, P47K  60.5 
 
 
406 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2135  cobalamin synthesis protein P47K  62.63 
 
 
407 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  63.36 
 
 
417 aa  491  9.999999999999999e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3705  cobalamin synthesis protein P47K  62.16 
 
 
435 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3382  cobalamin synthesis protein P47K  62.16 
 
 
435 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3017  cobalamin synthesis protein P47K  60.61 
 
 
415 aa  468  1.0000000000000001e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168872  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  61.52 
 
 
406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0045  hypothetical protein  60.9 
 
 
424 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4174  cobalamin synthesis protein P47K  58.27 
 
 
401 aa  464  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2730  cobalamin synthesis protein, P47K  57.58 
 
 
420 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0608  cobalamin synthesis protein P47K  59.39 
 
 
408 aa  464  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.452974  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1120  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  58.13 
 
 
400 aa  458  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.201392  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1025  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  58.13 
 
 
400 aa  458  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1091  cobalamin synthesis protein P47K  58.06 
 
 
406 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2441  cobalamin synthesis protein P47K  56.53 
 
 
416 aa  454  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0639  cobalamin synthesis protein P47K  58.79 
 
 
402 aa  455  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000744918  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2719  cobalamin synthesis protein P47K  56.3 
 
 
401 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0234236  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2385  cobalamin synthesis protein P47K  57.04 
 
 
401 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  57.61 
 
 
422 aa  442  1e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2183  hypothetical protein  57.25 
 
 
404 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.233817  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0064  cobalamin synthesis protein P47K  53.44 
 
 
436 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2934  cobalamin synthesis protein P47K  56.82 
 
 
406 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2707  cobalamin synthesis protein P47K  56.44 
 
 
405 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.217107 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4067  cobalamin synthesis protein, P47K  55.64 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0054  cobalamin synthesis protein, P47K  53.44 
 
 
436 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2119  cobalamin synthesis protein P47K  55.44 
 
 
393 aa  438  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1647  cobalamin synthesis protein P47K  56.2 
 
 
402 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  52.97 
 
 
433 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  53.48 
 
 
437 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4084  cobalamin synthesis protein, P47K  54.85 
 
 
420 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2829  cobalamin synthesis protein P47K  55.69 
 
 
406 aa  437  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62152 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4282  cobalamin synthesis protein, P47K  54.85 
 
 
420 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1338  cobalamin synthesis protein, P47K  55.39 
 
 
407 aa  435  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0083  cobalamin synthesis protein P47K  53.24 
 
 
437 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3235  cobalamin synthesis protein P47K  55.22 
 
 
420 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0006  cobalamin synthesis protein, P47K  53.24 
 
 
470 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273813  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0064  cobalamin synthesis protein, P47K  53.24 
 
 
437 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2203  putative regulatory protein (nitrile hydratase activator like)  55.97 
 
 
401 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.514388  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2487  putative 47 kDa protein  55.58 
 
 
401 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3934  cobalamin synthesis protein P47K  54.5 
 
 
438 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4503  putative cobalamin synthesis protein/P47K  54.5 
 
 
438 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6542  cobalamin synthesis protein, P47K  54.94 
 
 
414 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321492  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6256  cobalamin synthesis protein P47K  55.41 
 
 
414 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420491  normal  0.88577 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0080  cobalamin synthesis protein, P47K  55.09 
 
 
404 aa  425  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1476  cobalamin synthesis protein P47K  54.77 
 
 
408 aa  423  1e-117  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0862  cobalamin synthesis protein P47K  56.54 
 
 
406 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00398183 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03818  nitrile hydratase activator  52.3 
 
 
441 aa  420  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0005  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.4 
 
 
519 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2254  cobalamin synthesis protein, P47K  54.09 
 
 
403 aa  415  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2592  putative 47 kDa protein  55.32 
 
 
403 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869737 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6213  cobalamin synthesis protein P47K  54.25 
 
 
403 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575624  normal  0.0528203 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3014  cobalamin synthesis protein, P47K  54.55 
 
 
540 aa  411  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0399  cobalamin synthesis protein P47K  51.37 
 
 
441 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414566  normal  0.973857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3630  cobalamin synthesis protein P47K  54.83 
 
 
399 aa  414  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0218  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.95 
 
 
446 aa  411  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3566  cobalamin synthesis protein, P47K  54.09 
 
 
399 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.107446  normal  0.0714729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3502  cobalamin synthesis protein, P47K  51.36 
 
 
410 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.461262 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3520  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.95 
 
 
446 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0005  CobW/P47K family protein  50.95 
 
 
446 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938262  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2789  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.95 
 
 
446 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0635224  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0005  CobW/P47K family protein  50.95 
 
 
446 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6409  cobalamin synthesis protein P47K  54 
 
 
410 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3393  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  53.35 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  53.54 
 
 
410 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1893  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.71 
 
 
446 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1101  cobalamin synthesis protein P47K  50.46 
 
 
442 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2062  cobalamin synthesis protein P47K  53.06 
 
 
397 aa  397  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.410151  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1193  hypothetical protein  50 
 
 
442 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.619068  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6411  cobalamin synthesis protein P47K  51.26 
 
 
394 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.352865  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2212  cobalamin synthesis protein P47K  51.24 
 
 
423 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.614725  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  51.01 
 
 
407 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.103879 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0581  cobalamin synthesis protein P47K  50.89 
 
 
394 aa  389  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0080  cobalamin synthesis protein, putative  49.11 
 
 
400 aa  370  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4773  cobalamin synthesis protein P47K  50.62 
 
 
377 aa  371  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0898546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0473  cobalamin synthesis protein, P47K  48.12 
 
 
400 aa  366  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0485  cobalamin synthesis protein P47K  48.12 
 
 
400 aa  366  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>