More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4474 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4474  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 
315 aa  637    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.491556  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34340  fructokinase  71.61 
 
 
310 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00034201  normal  0.472957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2919  fructokinase  70.32 
 
 
310 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2701  fructokinase  66.24 
 
 
312 aa  427  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000723148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2035  ribokinase-like domain-containing protein  69.35 
 
 
321 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2434  carbohydrate kinase, PfkB  65.92 
 
 
312 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0244722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2634  PfkB  65.92 
 
 
312 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16610  PfkB-family carbohydrate kinase  57.19 
 
 
323 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17670  PfkB-family carbohydrate kinase  58.92 
 
 
323 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0565403  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2220  ribokinase-like domain-containing protein  47.88 
 
 
316 aa  263  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2416  ribokinase-like domain-containing protein  45.51 
 
 
319 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0306608  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2866  ribokinase-like domain-containing protein  41.99 
 
 
322 aa  225  8e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.888122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3429  ribokinase-like domain-containing protein  45.51 
 
 
312 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343851  normal  0.0113168 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1102  PfkB domain protein  40.78 
 
 
306 aa  202  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.534067  normal  0.794033 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0530  fructokinase  37.86 
 
 
308 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2120  ribokinase-like domain-containing protein  39.24 
 
 
311 aa  194  1e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.56437  normal  0.133617 
 
 
-
 
NC_004310  BR0115  fructokinase  37.38 
 
 
308 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0759  PfkB domain-containing protein  41.42 
 
 
306 aa  193  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0139  PfkB domain protein  36.89 
 
 
308 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.49186  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0112  fructokinase  36.74 
 
 
308 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0686594  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0135  PfkB domain protein  36.89 
 
 
308 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.472286 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0795  PfkB domain protein  33.65 
 
 
315 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0129  ribokinase-like domain-containing protein  35.81 
 
 
308 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3042  PfkB  38.59 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2239  ribokinase-like domain-containing protein  39.48 
 
 
306 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0931  ribokinase-like domain-containing protein  39.48 
 
 
306 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.63818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0108  ribokinase-like domain-containing protein  38.19 
 
 
310 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2257  putative fructokinase  39.48 
 
 
306 aa  175  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0836  PfkB  37.94 
 
 
306 aa  175  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408369  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1115  PfkB domain protein  37.5 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4605  PfkB domain protein  35.26 
 
 
329 aa  165  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2946  ribokinase-like domain-containing protein  36.25 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.014237  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5753  PfkB domain protein  35.5 
 
 
326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.231801  normal  0.0725817 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33610  sugar kinase, ribokinase  37.18 
 
 
307 aa  162  7e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.469298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2674  PfkB  35.37 
 
 
309 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.201136  normal  0.321692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1715  PfkB domain protein  35.13 
 
 
334 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.189965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2797  carbohydrate kinase  35.78 
 
 
308 aa  159  6e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.375815  normal  0.409466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0527  PfkB domain protein  37.74 
 
 
312 aa  159  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0928  fructokinase  36.59 
 
 
321 aa  155  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3490  ribokinase-like domain-containing protein  36.83 
 
 
320 aa  152  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.32556  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1154  ribokinase-like domain-containing protein  31.66 
 
 
319 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1891  ribokinase-like domain-containing protein  35.58 
 
 
313 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370401  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1118  PfkB domain protein  37.1 
 
 
316 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.59245  normal  0.875512 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23000  sugar kinase, ribokinase  34.6 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4360  PfkB  36.22 
 
 
317 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.493573  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4446  ribokinase-like domain-containing protein  36.22 
 
 
317 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0570373 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4740  ribokinase-like domain-containing protein  36.22 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3260  ribokinase-like domain-containing protein  34.81 
 
 
320 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.846286 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0616  ribokinase-like domain-containing protein  31.45 
 
 
315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4916  ribokinase-like domain-containing protein  35.5 
 
 
309 aa  135  9e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.637785  normal  0.273858 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0635  ribokinase-like domain-containing protein  31.76 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.377528  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4616  PfkB domain protein  34.29 
 
 
326 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5591  ribokinase-like domain-containing protein  35.06 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1827  ribokinase-like domain-containing protein  33.97 
 
 
309 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0223  PfkB domain protein  31.21 
 
 
317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7023  ribokinase-like domain-containing protein  31.61 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1269  PfkB domain protein  33.01 
 
 
315 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1099  Fructokinase  34.82 
 
 
303 aa  129  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0270  Fructokinase  36.24 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1165  PfkB domain-containing protein  34.22 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0716  fructokinase  31.37 
 
 
313 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0666  fructokinase  31.37 
 
 
313 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0752  fructokinase  31.37 
 
 
313 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3619  PfkB domain-containing protein  33.55 
 
 
309 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19960  PfkB domain protein  29.01 
 
 
323 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0915  fructokinase  29.52 
 
 
313 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0808  fructokinase  29.52 
 
 
313 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0921  putative fructokinase  34.75 
 
 
315 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0109  ribokinase-like domain-containing protein  33.85 
 
 
335 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26450  sugar kinase, ribokinase  32.69 
 
 
317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.184834  normal  0.35054 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20450  sugar kinase, ribokinase  34.23 
 
 
332 aa  120  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.229997  normal  0.394862 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3928  Fructokinase  33.54 
 
 
338 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0744  PfkB domain protein  33.86 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3872  ribokinase-like domain-containing protein  35.65 
 
 
300 aa  117  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3987  ribokinase-like domain-containing protein  29.97 
 
 
319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0334499  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0062  ribokinase-like domain-containing protein  32.69 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00940  sugar kinase, ribokinase  31.78 
 
 
306 aa  116  6e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0065  ribokinase-like domain-containing protein  28.89 
 
 
319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00032055 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1904  PfkB  34.73 
 
 
336 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0331042  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2077  ribokinase-like domain-containing protein  28.57 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2113  ribokinase-like domain-containing protein  28.57 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398904  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1119  ribokinase-like domain-containing protein  29.69 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0501  PfkB domain protein  32.72 
 
 
320 aa  114  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.501412  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0067  ribokinase-like domain-containing protein  28.57 
 
 
319 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000323678 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0069  ribokinase-like domain-containing protein  28.57 
 
 
319 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.615124  hitchhiker  0.0000000296005 
 
 
-
 
NC_003296  RS05325  sugar kinase protein  33.12 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.244562  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0966  PfkB domain protein  32.4 
 
 
346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.610521  decreased coverage  0.0000264187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3202  PfkB  33.21 
 
 
344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00232664  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0525  PfkB domain protein  33.54 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.844644  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0971  aminoimidazole riboside kinase  30.42 
 
 
308 aa  110  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00309121  normal  0.0346902 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4122  PfkB  28.66 
 
 
320 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0198  PfkB domain protein  34.42 
 
 
310 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0389  PfkB  30.16 
 
 
323 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.211683  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2896  PfkB domain protein  31.29 
 
 
316 aa  107  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1421  PfkB  36.33 
 
 
284 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0830137 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1422  ribokinase-like domain-containing protein  37.35 
 
 
316 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0053  ribokinase-like domain-containing protein  30.65 
 
 
317 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0424  ribokinase-like domain-containing protein  31.33 
 
 
333 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.808327  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3592  PfkB domain protein  33.21 
 
 
311 aa  105  8e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0720957  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1714  ribokinase-like domain-containing protein  37.28 
 
 
319 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0308067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>