More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4467 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  81.67 
 
 		 301 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 301 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  83.22 
 
 		 287 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  79.6 
 
 		 301 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  76.08 
 
 		 307 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  75.08 
 
 		 301 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  56.21 
 
 		 299 aa  350  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  47.08 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 315 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  40.71 
 
 		 294 aa  235  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 328 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  46.39 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 		 325 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 319 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 321 aa  225  8e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 329 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 329 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  45.49 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 312 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 329 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  40.14 
 
 		 350 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 350 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 319 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 319 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 319 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 339 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 318 aa  221  9e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 319 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 322 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 294 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  40.93 
 
 		 296 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  38.01 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  37.64 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  39.44 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.97 
 
 		 319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  33.56 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  34.1 
 
 		 295 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.02 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.79 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.24 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  29.75 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.45 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 288 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 318 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>