More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4369 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  68.07 
 
 		 334 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  60.06 
 
 		 330 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  57.93 
 
 		 330 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 353 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 353 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 		 353 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 341 aa  235  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  42.55 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 344 aa  219  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 367 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 350 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  32.02 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  31.82 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  30.09 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  30.56 
 
 		 365 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  33.13 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 335 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 340 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  32.54 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 343 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 336 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 347 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 346 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  30.89 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  29.25 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 365 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 346 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 		 348 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 355 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 335 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 361 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 376 aa  112  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  26.43 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>