223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4356 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  100 
 
 		 421 aa  854    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  67.32 
 
 		 421 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  67.32 
 
 		 421 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  58.84 
 
 		 416 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  58.82 
 
 		 422 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  57.35 
 
 		 412 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  52.78 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  57.35 
 
 		 409 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  53.2 
 
 		 429 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  56.63 
 
 		 409 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  52.22 
 
 		 429 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  51.48 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  52.22 
 
 		 429 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  51.43 
 
 		 411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  49.75 
 
 		 427 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  50.6 
 
 		 421 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  50.12 
 
 		 410 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  50.5 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  48.71 
 
 		 410 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  48.42 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  47.76 
 
 		 410 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  48.25 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  44.29 
 
 		 433 aa  359  7e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  43.71 
 
 		 433 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  43.47 
 
 		 433 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  43.23 
 
 		 429 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  42.52 
 
 		 433 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  48.42 
 
 		 416 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.42 
 
 		 416 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  47.73 
 
 		 416 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  45.85 
 
 		 423 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  45.71 
 
 		 431 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  45.48 
 
 		 431 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.67 
 
 		 415 aa  334  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  42.72 
 
 		 420 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  44.32 
 
 		 417 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  46.32 
 
 		 416 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  46.32 
 
 		 416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  44.08 
 
 		 417 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  46.32 
 
 		 416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  44.08 
 
 		 418 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  42.02 
 
 		 420 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  44.52 
 
 		 417 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  44.81 
 
 		 416 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  44.74 
 
 		 427 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  42.96 
 
 		 427 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  42.55 
 
 		 426 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  41.81 
 
 		 430 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  45.12 
 
 		 423 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  43.36 
 
 		 439 aa  317  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  44.85 
 
 		 416 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  44.63 
 
 		 423 aa  315  8e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  41.85 
 
 		 447 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  43.72 
 
 		 442 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  42.35 
 
 		 440 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  41.88 
 
 		 440 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  42.51 
 
 		 408 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  39.91 
 
 		 460 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  40.26 
 
 		 463 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  41.44 
 
 		 439 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  41.71 
 
 		 441 aa  307  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  41.8 
 
 		 439 aa  306  5.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  41.39 
 
 		 408 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  40.31 
 
 		 443 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  42.69 
 
 		 417 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  43.73 
 
 		 417 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  40.23 
 
 		 424 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  39.51 
 
 		 437 aa  299  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  42.56 
 
 		 445 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  43.73 
 
 		 417 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  40.94 
 
 		 423 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  41.25 
 
 		 430 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.77 
 
 		 440 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  41.29 
 
 		 431 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  40.5 
 
 		 430 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  42.29 
 
 		 426 aa  293  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  41.92 
 
 		 416 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  41.79 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  41.55 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  40.25 
 
 		 430 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  41.13 
 
 		 428 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  42.89 
 
 		 428 aa  290  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  39.42 
 
 		 402 aa  290  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  41.13 
 
 		 418 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  42 
 
 		 418 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  40.88 
 
 		 457 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  40.43 
 
 		 422 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  41.52 
 
 		 424 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  41.69 
 
 		 421 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  40.09 
 
 		 417 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  40.93 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  39.49 
 
 		 412 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  39.49 
 
 		 412 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  41.33 
 
 		 418 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  41.09 
 
 		 418 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  41.09 
 
 		 418 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  39.02 
 
 		 412 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  38.26 
 
 		 412 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  39.16 
 
 		 443 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  40.23 
 
 		 422 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>