221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4306 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  100 
 
 		 437 aa  878    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  66.35 
 
 		 439 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  59.91 
 
 		 442 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  54.61 
 
 		 457 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  53.81 
 
 		 460 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  54.33 
 
 		 463 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  55.63 
 
 		 442 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  55.07 
 
 		 444 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  52.12 
 
 		 440 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  52.68 
 
 		 439 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  54.87 
 
 		 443 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000630026  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  51.79 
 
 		 443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  54.17 
 
 		 446 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  51.35 
 
 		 439 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  52.76 
 
 		 445 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  51.98 
 
 		 441 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  51.34 
 
 		 443 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  49.22 
 
 		 442 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  51.1 
 
 		 447 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  49.12 
 
 		 448 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5318  outer membrane porin, OprD family  49.77 
 
 		 448 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  46.48 
 
 		 456 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  45.56 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3341  outer membrane porin  47.26 
 
 		 437 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.51 
 
 		 421 aa  349  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.29 
 
 		 421 aa  348  8e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  46.64 
 
 		 450 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.39 
 
 		 422 aa  342  9e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  45.02 
 
 		 427 aa  335  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.55 
 
 		 427 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  41.03 
 
 		 412 aa  318  9e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.05 
 
 		 411 aa  315  9e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41 
 
 		 421 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  40.5 
 
 		 429 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  42.42 
 
 		 417 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  40.55 
 
 		 416 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  40.89 
 
 		 429 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  42.19 
 
 		 417 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  40.89 
 
 		 429 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  40.89 
 
 		 429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  39.51 
 
 		 421 aa  299  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.94 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.54 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  41.44 
 
 		 418 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  41.36 
 
 		 410 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  41.07 
 
 		 417 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  40.91 
 
 		 417 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  40.91 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.91 
 
 		 410 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.97 
 
 		 409 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  41.63 
 
 		 418 aa  285  8e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  41.05 
 
 		 418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.43 
 
 		 420 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38.22 
 
 		 420 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  40.28 
 
 		 409 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  40.81 
 
 		 418 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.38 
 
 		 418 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  38.05 
 
 		 416 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  39.45 
 
 		 418 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.84 
 
 		 423 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  39.9 
 
 		 418 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  38.62 
 
 		 412 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  38.39 
 
 		 412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  38.16 
 
 		 412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  38.29 
 
 		 422 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.84 
 
 		 433 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  38.66 
 
 		 412 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  37.95 
 
 		 416 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  35.54 
 
 		 427 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  37.98 
 
 		 417 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  38.85 
 
 		 419 aa  263  6e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  37.5 
 
 		 416 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  37.64 
 
 		 417 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.96 
 
 		 416 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  36.71 
 
 		 422 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  37.41 
 
 		 416 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  37.61 
 
 		 415 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  37.7 
 
 		 417 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  37.87 
 
 		 417 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  34.8 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  38.86 
 
 		 424 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  37.67 
 
 		 440 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  37.87 
 
 		 422 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  35.99 
 
 		 408 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  36.71 
 
 		 422 aa  255  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.61 
 
 		 427 aa  255  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  36.76 
 
 		 416 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  39.33 
 
 		 417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  37.19 
 
 		 416 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  37.19 
 
 		 416 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  38.08 
 
 		 423 aa  253  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  37.68 
 
 		 416 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  39.23 
 
 		 421 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  37.75 
 
 		 416 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  37.85 
 
 		 423 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  37.98 
 
 		 395 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  37.21 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  36.99 
 
 		 423 aa  250  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  36.07 
 
 		 413 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  35.66 
 
 		 433 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>