More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4200 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  100 
 
 
372 aa  771    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  56.44 
 
 
366 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.89 
 
 
367 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.77 
 
 
378 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.15 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.15 
 
 
367 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  53.15 
 
 
367 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  53.53 
 
 
369 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  53.61 
 
 
374 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  52.75 
 
 
369 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.63 
 
 
365 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  52.22 
 
 
374 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  53.33 
 
 
374 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  53.57 
 
 
374 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  51.11 
 
 
365 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.22 
 
 
374 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.66 
 
 
374 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.22 
 
 
374 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.53 
 
 
385 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.98 
 
 
368 aa  383  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  54.97 
 
 
373 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.53 
 
 
364 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.25 
 
 
364 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
364 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  49.72 
 
 
361 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.72 
 
 
361 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  52.1 
 
 
363 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
364 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.72 
 
 
364 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  49.72 
 
 
361 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.42 
 
 
363 aa  362  8e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.86 
 
 
395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  50.14 
 
 
368 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.8 
 
 
358 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.9 
 
 
393 aa  354  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.28 
 
 
362 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  49.03 
 
 
393 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.42 
 
 
363 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.37 
 
 
362 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  49.44 
 
 
365 aa  349  5e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.63 
 
 
368 aa  348  8e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  56.6 
 
 
370 aa  347  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.86 
 
 
365 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.36 
 
 
384 aa  345  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.31 
 
 
370 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.31 
 
 
370 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.31 
 
 
370 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.53 
 
 
380 aa  343  4e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  53.04 
 
 
360 aa  342  8e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.86 
 
 
355 aa  342  8e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  51.82 
 
 
363 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  50.3 
 
 
355 aa  338  7e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  49 
 
 
365 aa  337  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.3 
 
 
355 aa  337  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  48.9 
 
 
366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  48.9 
 
 
366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  48.9 
 
 
366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0431  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.18 
 
 
366 aa  336  5e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1810  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.18 
 
 
366 aa  336  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0481  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.18 
 
 
366 aa  336  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155337  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  50.3 
 
 
355 aa  334  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  47.41 
 
 
367 aa  335  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
369 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.35 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.77 
 
 
364 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  47.32 
 
 
361 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2366  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.36 
 
 
367 aa  313  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.62 
 
 
377 aa  312  4.999999999999999e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.35 
 
 
382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4874  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.82 
 
 
360 aa  306  4.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.368971 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
384 aa  305  6e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  47.26 
 
 
364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.32 
 
 
447 aa  301  1e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.87 
 
 
382 aa  301  2e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4690  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.74 
 
 
379 aa  298  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.834348  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  45.69 
 
 
366 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  45.16 
 
 
364 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  45.04 
 
 
381 aa  296  5e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.13 
 
 
384 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  55.74 
 
 
349 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.58 
 
 
376 aa  293  3e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.66 
 
 
359 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  43.33 
 
 
342 aa  292  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  44.19 
 
 
368 aa  292  7e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  42.58 
 
 
363 aa  292  8e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1263  putrescine transport ATP-binding protein PotG  43.71 
 
 
381 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  43.63 
 
 
358 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.14 
 
 
373 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.24 
 
 
384 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  42.3 
 
 
356 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  43.17 
 
 
384 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2941  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.92 
 
 
388 aa  289  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.75 
 
 
372 aa  288  8e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.02 
 
 
363 aa  288  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.3 
 
 
423 aa  288  1e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.32 
 
 
380 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.67 
 
 
346 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.4 
 
 
373 aa  288  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>